[发明专利]宏基因组样品中病原体的鉴定和抗生素表征有效
| 申请号： | 201780063630.5 | 申请日： | 2017-10-12 |
| 公开（公告）号： | CN109923217B | 公开（公告）日： | 2023-06-16 |
| 发明（设计）人： | P·马埃;M·图尔努德;S·斯奇克林;G·贵贡;E·鲁佩 | 申请（专利权）人： | 生物梅里埃公司 |
| 主分类号： | C12Q1/689 | 分类号： | C12Q1/689;G16B40/00;G16B30/00 |
| 代理公司： | 永新专利商标代理有限公司 72002 | 代理人： | 区斌 |
| 地址： | 法国迈合西*** | 国省代码： | 暂无信息 |
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| 摘要： | 鉴定宏基因组样品中包含的病原体和鉴定所述病原体基因组中的病原性标志物的方法，该方法包括以下步骤：‑处理(12)宏基因组样品以从病原体中提取DNA，‑测序(14)提取的DNA，从而产生读长组，‑将所述读长组与已知病原体基因组的数据库进行比较(22)，以便将读长分配给所述已知病原体；‑产生(26)读长池，其包含分配给病原体的读长，以及组装(28)汇集的读长以产生重叠群，‑将重叠群与遗传标志物的第二数据库进行比较(30)，以检查产生的重叠群是否含有标志物，该方法还包括以下步骤：‑将所述读长组与第二数据库进行比较(24)以便将读长分配给标志物，如果它完全落入所述标志物中或者如果它是跨越所述标志物则将读长分配给标志物，并且所述池中还包含分配给所述标志物的读长，因此，所述重叠群由分配给病原体的读长和分配给标志物的读长组装而成。 | ||
| 搜索关键词： | 宏基 样品 病原体 鉴定 抗生素 表征 | ||
【主权项】：
1.鉴定宏基因组样品中包含的病原体和鉴定所述病原体基因组中的病原性标志物的方法，所述方法包括以下步骤：‑处理(12)宏基因组样品以至少从所述样品中存在的病原体中提取DNA，‑测序(14)提取的DNA，从而产生数字核酸序列的组，或“读长”，‑将所述读长组与包含已知病原体基因组的第一数据库进行比较(22)，以便将所述组的读长分配给所述已知病原体；‑产生(26)读长池，其包含至少在所述已知细菌病原体中分配给病原体的读长，以及组装(28)所述池中的读长以产生至少一个经组装的数字核酸序列，或“重叠群”，‑将产生的所述重叠群与已知病原性遗传标志物的第二数据库进行比较(30)，以检查产生的所述重叠群是否含有已知的标志物，‑其特征在于，‑所述方法包括将所述读长组与第二数据库进行比较(24)的步骤，以便将所述组的读长分配给所述已知的病原性标志物，如果它完全落入所述标志物中或者如果它跨越所述标志物则将读长分配给已知的病原性标志物，‑并且所述池中还包含分配给所述已知病原性标志物的读长，因此，所述重叠群由分配给所述已知病原体的读长和分配给所述已知病原性标志物的读长组装而成。
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