[发明专利]一种用于DNA编码化合物文库的核苷酸双链的计算机编码方法

摘要

本发明涉及一种用于DNA编码化合物文库的核苷酸双链的计算机编码方法和通过这种方法得到的不同组合的核苷酸双链集合，该计算机编码方法包括步骤：(1)核苷酸双链编码区的计算机编码方法、核苷酸双链配对区的计算机编码方法、核苷酸双链编码区和配对区组合得到5’或3’端有突出的核苷酸双链的方法、组合后的核苷酸双链集合的筛选方法、n个循环的核苷酸双链集合的两端修饰方法以及链接方法。本发明的方法是一种高效的、操作简单、能快速得到足够多数量的部分碱基序列互补配对且带有突出碱基序列的用于DNA编码化合物文库构建的计算机编码方法，在DNA编码化合物文库构建中应用前景广泛。

主权项

一种用于DNA编码化合物文库构建的核苷酸双链的计算机编码方法，其特征在于，所述方法包括：(a)提供核苷酸双链编码区的计算机编码方法，按照设置的筛选规则对得到的编码区的有m个碱基对的核苷酸双链进行筛选，其中，m是3到50之内的整数；其中，具体的筛选规则包括：所述核苷酸双链中任一单链自身不能通过碱基互补配对形成反向互补的同源双链；所述核苷酸双链中任一单链自身的5’端和3’端附近不能有n个碱基能通过碱基互补配对形成发卡形式，n为≥3的整数；所述核苷酸双链中的上链和下链在错位o个碱基后不能形成反向互补的双链；所述核苷酸双链中任一单链的GC含量必须是在40‑60％；所述核苷酸双链之间的最大分子量差异与核苷酸双链的平均分子量之比不能超过0.1％；所述核苷酸双链中任一单链不能连续出现3个或3个以上的相同碱基；所述核苷酸双链的上链可以和另一个核苷酸双链的下链相同；所述核苷酸双链中各个碱基序列之间的汉明距离需要大于等于2；(b)提供核苷酸双链配对区的计算机编码方法，按照设置的筛选规则对得到的配对区的有n个碱基对的核苷酸双链进行筛选，其中，n是2到20之内的整数；其中，具体的筛选规则包括：所述核苷酸双链中任一单链自身不能是回文序列且其5’端和3’端附近能形成发卡结构的碱基数量之和不超过整条单链的碱基总数的50％；所述核苷酸双链中任一单链自身不能连续含有3个或3个以上的相同碱基；所述核苷酸双链中任一单链的GC含量在20‑80％之间；(c)提供由所述核苷酸双链编码区和所述核苷酸双链配对区组合得到一个循环的5’或3’端有突出的核苷酸双链的组合方法，配对区核苷酸双链的任一单链可以任意与编码区核苷酸双链的任一单链在任意一端组合，但是配对区核苷酸双链的一对碱基完全互补配对的双链不可以同时出现在一个循环的核苷酸双链集合内，同一个碱基序列也不可以同时出现在一个循环的核苷酸双链集合内；组合下一个循环的核苷酸双链，必须考虑上一个循环的组合情况，让两个循环的突出碱基序列可以完全碱基互补配对；(d)提供组合后的核苷酸双链集合的筛选的计算机编码方法，按照设置的筛选规则，对组合后两侧都带有突出碱基序列的核苷酸双链进行筛选；其中，具体的筛选规则是指：所述核苷酸双链中任一单链自身的5’端和3’端附近不能有o个碱基能通过碱基互补配对形成发卡形式；所述核苷酸双链中的上链和下链在错位p个碱基后不能形成反向互补的双链；所述核苷酸双链中任一单链不能连续出现3个或以上的相同碱基；(e)提供对得到的n个循环的核苷酸双链集合的两端进行修饰的方法；(f)提供对得到的n个循环两端修饰的核苷酸双链集合的链接方法。