[发明专利]基于遗传算法和隐马尔可夫模型的CpG岛识别方法、装置在审
| 申请号： | 201710725585.7 | 申请日： | 2017-08-22 |
| 公开（公告）号： | CN107577918A | 公开（公告）日： | 2018-01-12 |
| 发明（设计）人： | 刘弘;何演林;郑元杰;赵丹丹;陆佃杰;吕晨 | 申请（专利权）人： | 山东师范大学 |
| 主分类号： | G06F19/12 | 分类号： | G06F19/12;G06F19/18;G06F19/20;G06N3/12 |
| 代理公司： | 济南圣达知识产权代理有限公司37221 | 代理人： | 张勇 |
| 地址： | 250014 *** | 国省代码： | 山东;37 |
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| 摘要： | 本发明涉及一种基于遗传算法和隐马尔可夫模型的CpG岛识别方法，包括以下步骤1）获取多个包括有基因元素的染色体，每一基因元素均采用实数表示，多个编码染色体构成一组隐马尔可夫模型参数；2)采用适应度函数确定所述每一染色体的适应度值，所述适应度值用来表示染色体优劣程度；3）采用遗传算法，根据所述适应度值，对所述染色体执行寻优过程，然后再重新确定寻优后的染色体适应度值；4）迭代适用步骤3），当满足设定终止条件后，输出最优隐马尔可夫模型参数；5）采用输出的最优隐马尔科夫模型参数，在给定观察序列的基础上，确定生成所述观察序列的最大概率隐藏状态序列，用来表示CpG岛的位置。 | ||
| 搜索关键词： | 基于 遗传 算法 隐马尔可夫 模型 cpg 识别 方法 装置 | ||
【主权项】：
一种基于遗传算法和隐马尔可夫模型的CpG岛识别方法，其特征在于，包括以下步骤：1)获取多个包括有基因元素的染色体，每一基因元素均采用实数表示，多个染色体构成一组隐马尔可夫模型参数；2)采用适应度函数确定所述每一染色体的适应度值，所述适应度值用来表示染色体优劣程度；3)采用遗传算法，根据所述适应度值，对所述染色体执行寻优过程，然后再重新确定寻优后的染色体适应度值；4)迭代适用步骤3)，当满足设定终止条件后，输出最优隐马尔可夫模型参数；5)采用输出的最优隐马尔科夫模型参数，在给定观察序列的基础上，确定生成所述观察序列的最大概率隐藏状态序列，用来表示CpG岛的位置。
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