[发明专利]猪背最长肌肌内脂肪生成相关的关键miRNA的筛选与注释

摘要

本发明公开了猪背最长肌肌内脂肪生成相关的关键miRNA的筛选与注释，包括以下步骤第一步选取肌内脂肪含量差异较大的皖南花猪(WH)和大约克猪(YY)作为研究对象，第二步高通量miRNA‑seq测序技术，对miRNA‑seq数据进行差异表达分析，第三步应用miRanda软件对miRNA预测中得到的序列以及对应物种的基因组cDNA序列进行可能的靶位点预测，并且通过采用DAVID KEGG分析在脂肪生成信号通路（Adipocytokine signaling pathway）中的差异表达miRNA及其预测的靶基因。

主权项

猪背最长肌肌内脂肪生成相关的关键miRNA的筛选与注释，其特征在于，包括以下步骤：第一步：选取肌内脂肪含量差异较大的皖南花猪(WH)和大约克猪(YY)作为研究对象：高通量测序后皖南花猪3个样本得到的总reads数分别为20147696，25342611和24257436，其中Clean reads达到98.9%、98.89%和98.97%；大约克猪3个样本得到的总reads数分别为26177403，28014381和 23255427，其中Clean reads达到98.9%、98.98%和99.02%；可见所测样品中Clean reads的比例都占到Raw reads的98%以上，表明测序质量较高，所得Clean reads数目能够满足试验需要；第二步：高通量miRNA‑seq测序技术，对miRNA‑seq数据进行差异表达分析：在差异分析中，采用TPM（Transcripts per million，公式为：单一miRNA reads数×106/总reads数）作为标准化数据；其中以大约克猪为对照组，皖南花猪与之相比，趋于红色的区域代表上调的有9个miRNA，趋于绿色的区域代表为下调的有33个miRNA（参见图1）；第三步：应用miRanda软件对miRNA预测中得到的序列以及对应物种的基因组cDNA序列进行可能的靶位点预测，并且通过采用DAVID KEGG分析在脂肪生成信号通路（Adipocytokine signaling pathway）中的差异表达miRNA及其预测的靶基因（参见图2）：研究发现，两个上调的miRNA‑196a/b可能通过与其预测的靶基因PPARGC‑1结合以激活脂肪生成信号通路来影响猪肌内脂肪的形成的过程（参见图3）。