[发明专利]一种将Smith‑Waterman算法在FPGA平台实现的新方法在审
| 申请号： | 201611025162.6 | 申请日： | 2016-11-10 |
| 公开（公告）号： | CN106778077A | 公开（公告）日： | 2017-05-31 |
| 发明（设计）人： | 陈观君;王忆文;黄柯 | 申请（专利权）人： | 电子科技大学;四川云合创智科技有限公司 |
| 主分类号： | G06F19/22 | 分类号： | G06F19/22 |
| 代理公司： | 暂无信息 | 代理人： | 暂无信息 |
| 地址： | 611731 四川省成*** | 国省代码： | 四川;51 |
| 权利要求书： | 查看更多 | 说明书： | 查看更多 |
| 摘要： | 该发明公开了一种将Smith‑Waterman(以下简称S‑W)算法在FPGA平台实现的新方法。本发明是围绕S‑W算法的打分与回溯两方面进行优化。S‑W算法打分方面，本发明提出优化的删减策略和优化的动态规划(Dynamic Programming)分块方案来减少FPGA实现的时间消耗和资源消耗；S‑W算法回溯方面，本发明采用简化的回溯方向，更加便于FPGA实现，本发明采用两组回溯模块，与打分系统构成流水线处理，大大提高打分系统硬件利用效率，减少序列比对的整体时间。 | ||
| 搜索关键词： | 一种 smith waterman 算法 fpga 平台 实现 新方法 | ||
【主权项】：
一种将S‑W算法在FPGA上实现的新方法。该方法包括优化的动态规划删减策略、优化的动态规划分块策略和优化的S‑W回溯方法。
下载完整专利技术内容需要扣除积分，VIP会员可以免费下载。
该专利技术资料仅供研究查看技术是否侵权等信息，商用须获得专利权人授权。该专利全部权利属于电子科技大学;四川云合创智科技有限公司，未经电子科技大学;四川云合创智科技有限公司许可，擅自商用是侵权行为。如果您想购买此专利、获得商业授权和技术合作，请联系【客服】
本文链接：http://www.vipzhuanli.com/patent/201611025162.6/，转载请声明来源钻瓜专利网。
- 同类专利
- 专利分类
G06 计算；推算；计数
G06F 电数字数据处理
G06F19-00 专门适用于特定应用的数字计算或数据处理的设备或方法
G06F19-10 .生物信息学，即计算分子生物学中的遗传或蛋白质相关的数据处理方法或系统
G06F19-12 ..用于系统生物学的建模或仿真，例如：概率模型或动态模型，遗传基因管理网络，蛋白质交互作用网络或新陈代谢作用网络
G06F19-14 ..用于发展或进化的，例如：进化的保存区域决定或进化树结构
G06F19-16 ..用于分子结构的，例如：结构排序，结构或功能关系，蛋白质折叠，结构域拓扑，用结构数据的药靶，涉及二维或三维结构的
G06F19-18 ..用于功能性基因组学或蛋白质组学的，例如：基因型–表型关联，不均衡连接，种群遗传学，结合位置鉴定，变异发生，基因型或染色体组的注释，蛋白质相互作用或蛋白质核酸的相互作用
G06F 电数字数据处理
G06F19-00 专门适用于特定应用的数字计算或数据处理的设备或方法
G06F19-10 .生物信息学，即计算分子生物学中的遗传或蛋白质相关的数据处理方法或系统
G06F19-12 ..用于系统生物学的建模或仿真，例如：概率模型或动态模型，遗传基因管理网络，蛋白质交互作用网络或新陈代谢作用网络
G06F19-14 ..用于发展或进化的，例如：进化的保存区域决定或进化树结构
G06F19-16 ..用于分子结构的，例如：结构排序，结构或功能关系，蛋白质折叠，结构域拓扑，用结构数据的药靶，涉及二维或三维结构的
G06F19-18 ..用于功能性基因组学或蛋白质组学的，例如：基因型–表型关联，不均衡连接，种群遗传学，结合位置鉴定，变异发生，基因型或染色体组的注释，蛋白质相互作用或蛋白质核酸的相互作用
