[发明专利]一种基于Smith－Waterman算法的并行处理硬件加速单元在审
| 申请号： | 201810453228.4 | 申请日： | 2018-05-10 |
| 公开（公告）号： | CN110471642A | 公开（公告）日： | 2019-11-19 |
| 发明（设计）人： | 王中风;岳冠东;林军 | 申请（专利权）人： | 南京大学 |
| 主分类号： | G06F7/20 | 分类号： | G06F7/20 |
| 代理公司： | 暂无信息 | 代理人： | 暂无信息 |
| 地址： | 210023 江苏省南京市栖*** | 国省代码： | 江苏;32 |
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| 摘要： | 本发明公开了一种基于Smith‑Waterman算法的并行处理硬件加速单元。本并行加速单元由三个模块组成，匹配模块比较两个基因字符串的输入得到相似得分值x(i，j)；超前计算模块利用相似得分值计算得到超前计算项；计算得分模块通过传入的初始值和超前计算项同时计算输出16个得分值。将此并行处理单元组成脉动阵列结构，可以提高并行度，非常高效地处理两个基因序列的比对得到得分矩阵用以回溯找到最优的比对模型，提高了处理速度，减少了运算时间。 | ||
| 搜索关键词： | 加速单元 超前 计算项 比对 并行处理单元 并行处理硬件 脉动阵列结构 得分矩阵 基因序列 计算模块 模块组成 匹配模块 并行度 传入的 字符串 回溯 算法 运算 并行 输出 基因 | ||
【主权项】：
1.得分方案进行优化取值，将得分罚值d设为0，相似性得分值x(i，j)在两个基因字符匹配时设为2，不匹配时设为0。这一方法实现将一个得分值单元的计算所需的三个加法器，三个比较器和一个字符比较单元减少为一个加法器，一个比较器，一个2选1选择器和一个字符比较单元，减小了计算的复杂度，同时减少了硬件资源的开销。/n
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- 一种基于Smith－Waterman算法的并行处理硬件加速单元-201810453228.4
- 王中风;岳冠东;林军 - 南京大学
- 2018-05-10 - 2019-11-19 - G06F7/20
- 本发明公开了一种基于Smith‑Waterman算法的并行处理硬件加速单元。本并行加速单元由三个模块组成，匹配模块比较两个基因字符串的输入得到相似得分值x(i，j)；超前计算模块利用相似得分值计算得到超前计算项；计算得分模块通过传入的初始值和超前计算项同时计算输出16个得分值。将此并行处理单元组成脉动阵列结构，可以提高并行度，非常高效地处理两个基因序列的比对得到得分矩阵用以回溯找到最优的比对模型，提高了处理速度，减少了运算时间。
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