[发明专利]一种能够基于Nextseq500高通量测序平台的数据过滤方法

摘要

本发明公开的一种能够基于Nextseq 500高通量测序平台的数据过滤方法，包括如下步骤1)输入要进行分析的项目信息步骤；2)从存储数据的服务器调取原始测序数据步骤；3)对得到的测序数据进行标记步骤；4)将获取的对应项目的数据进行预处理步骤；5)查看日志，保证结果的无误性步骤。本发明的有益效果在于基于linux shell的自动化分许流程，可进行批量项目分析，提高服务器使用效率，减少分析人员的分析压力，便于控制分析内容。

主权项

一种能够基于Nextseq 500高通量测序平台的数据过滤方法，包括如下步骤：1)输入要进行分析的项目信息步骤格式大致为一行表示一个项目的信息，第一列元素为合同号，第二列为样品名称，其中间隔符设置为制表符；2)从存储数据的服务器调取原始测序数据步骤在编写的perl脚本中设定一个数据存储位置的变量，方便调取测序数据，与原来的不同是根据输入的合同号自动寻找文件，避免手动输入造成的麻烦；3)对得到的测序数据进行标记步骤根据Nextseq 500测序仪得到的数据特点，在编写的perl脚本中对这个特定的barcode序列进行筛选；4)将获取的对应项目的数据进行预处理步骤包括对于样品名字的处理，以及质量过滤，去除引物和barcode，随后得到优质序列进行分析；5)查看日志，保证结果的无误性步骤在进行标准分析流程的同时，如果分析出现的问题，会将错误信息以及错误的位置写入到日志文件中，流程结束后，查看日志文件，保证结果的无误性，如果出现问题，则查找原因，修复错误。