[发明专利]一种基于分子动力学模拟筛分黄酮类化合物抗雄活性方法

摘要

本发明公开了一种基于分子动力学模拟筛分黄酮类化合物抗雄活性方法，受试黄酮化合物结构经过优化后和同源模建获得的受体文件进行对接组成复合物，然后用GROMACS软件包进行分子动力学模拟20纳秒，计算黄酮化合物受体的12号螺旋8～20ns均方根偏差，将数据导入R语言包，计算出的标准偏差及残差建立区分模型，再将模糊区域中的化合物通过考察其在受体中的运动轨迹及计算的均方根偏差，排除无活性化合物。本发明首次引入定量判断，并运用定量和定性结合来提高预判的精确度，使得抗性和无抗性黄酮的区分率达到87.5％，无抗性黄酮的筛除率达到90％，不仅能够大幅削减实验室工作量，减少试验品消耗，节约资源，还能大幅提高QSAR预测的准确性，使得QSAR能够真正实现应用。

主权项

一种基于分子动力学模拟筛分黄酮类化合物抗雄活性方法，其特征在于包括以下步骤：(1)构建黄酮类化合物和雄激素受体的配体‑受体复合物分子结构；(2)对分子配体‑受体复合物分子结构进行动力学模拟；(3)建立模拟结果区分模型；(4)对模拟结果根据模型进行判断：如果化合物位于有活性区域，则判断化合物为有抗雄活性；如果化合物位于无活性区域，则判断化合物为无抗雄活性；如果化合物位于模糊区域，则进行步骤五和六；(5)模拟结果中配体在A环有甲氧基且受体于配体形成的氢键数量少于设定值时，判断判断化合物为无抗雄活性；(6)观察受体和配体运动轨迹，如果配体的运动轨迹已经脱离了雄激素受体的结合口袋，判定化合物无抗雄活性；如果受体在模拟过程结束后出现“mousetrap”现象，判定化合物有抗雄活性；(7)如化合物经步骤五和六均判断为无抗雄活性，则判断化合物为无抗雄活性，否则判断化合物为有抗雄活性；(8)对判断有抗雄活性的化合物建立CoMSIA预测模型，预测具有抗雄活性黄酮化合物的活性大小。