[发明专利]一种计算机辅助筛选小分子化合物靶标适配体的实现方法

摘要

本发明涉及一种计算机辅助筛选小分子化合物靶标适配体的实现方法，利用基于分子对接技术的反向虚拟筛选算法实现，包括：根据用户输入的序列长度生成指定长度为n的随机不重复序列；对随机不重复序列中的每一个序列进行双链DNA结构的建模，生成对应双链DNA三维结构文件；对每一个生成的双链DNA的三维结构文件进行格式转换，使其用于分子对接；对靶标小分子进行格式转换，使其能够用于下一步的分子对接；将每一个靶标小分子与每一个适配体分别进行分子对接；对接之后的得分文件被两个矩阵生成函数读取，分别生成两种得分矩阵文件。本发明解决了SELEX技术固有的筛选时间长、劳动强度大、筛选成本高、筛选种类少、对人体伤害大，且成功率较低等缺点。

主权项

1.一种计算机辅助筛选小分子化合物靶标适配体的实现方法，其特征在于，所述方法利用基于分子对接技术的反向虚拟筛选算法实现，包括下述步骤：(1)根据用户输入的序列长度生成指定长度为n的随机不重复序列；(2)对随机不重复序列中的每一个序列进行双链DNA结构的建模，生成对应双链DNA三维结构文件；对每一个生成的双链DNA的三维结构文件进行格式转换，使其能够用于下一步的分子对接；(3)对靶标小分子进行格式转换，使其能够用于下一步的分子对接；(4)将每一个靶标小分子与每一个适配体分别进行分子对接；所述步骤(4)包括：A、对接位点及对接范围的计算；B、利用基于分子对接技术的反向虚拟筛算法将双链DNA行进分子对接，预测不同的双链DNA靶标与特定小分子化合物的亲和力，找到与靶标小分子化合物亲和力强的所有双链DNA序列，确定适配体茎环中的茎，即DNA互补区域，C、在双链DNA一端添加多聚同一核苷酸构建适配体茎环中的环，最终构建一个完整适配体；(5)对接之后的得分文件被两个矩阵生成函数读取，分别生成两种得分矩阵文件，能够从中查找与靶标小分子得分最高的双链DNA序列。