[发明专利]使用脉冲读数光学的通过合成测序

摘要

本文提供了使用具有光敏封闭基团的可检测地标记的链终止核苷酸和光断裂光的脉冲，在多个孔中用于核酸通过合成测序的系统和方法。在某些实施方案中，该系统和方法提供多个包含初始去封闭时段，接着光扫描时段的去封闭‑扫描循环，其中在每个去封闭‑扫描循环中至少一个以下事件发生：1)去封闭时段短于扫描时段；2)去封闭时段仅仅足够长至在不到所有的多个孔中使作为引物的一部分的光敏基团去封闭；或3)去封闭时段是在25和150 mSec之间和扫描时间是至少200 mSec。这样较短的去封闭时段有助于防止在扫描之前添加一个以上的核苷酸至引物(例如，提高准确度)。

主权项

一个用于光断裂和扫描核苷酸类似物的系统，其包含：a)包含多个孔的基层，所述孔各自包含，或被配置以包含反应混合物，所述反应混合物含有模板核酸、聚合酶、与所述模板杂交的引物和第一核苷酸类似物，其中所述引物包含含有终止链延伸的光敏封闭基团的3’末端核苷酸类似物，和其中所述第一核苷酸类似物包含：i)第一可检测的部分，和ii)终止链延伸的光敏封闭基团；和b)光系统组件，其包含：i)与所述多个孔光通信的光源，所述光源提供：A)当光敏封闭基团是所述引物的一部分时，裂解所述光敏封闭基团的光断裂光输入；和B)在所述第一核苷酸类似物通过所述聚合酶加入到所述引物后，从所述第一可检测的部分产生光信号的扫描输入光；和ii)光控制组件，其激活所述光源以致产生多个去封闭‑扫描循环，其中所述去封闭‑扫描循环的每一个包含初始去封闭时段，其中至少部分的所述光断裂光输入被传输到所述多个孔；和随后的扫描时段，其中至少部分的所述扫描光输入被传输到所述多个孔，和其中在每一个所述去封闭‑扫描循环中，至少一个以下事件发生：A)所述去封闭时段短于所述扫描时段；B)所述去封闭时段仅仅足够长至在不到所有的所述多个孔中，使作为所述引物的一部分的所述光敏封闭基团去封闭；和C)所述去封闭时段是在25和150mSec之间和所述扫描时间是至少200mSec。