[发明专利]用于评估前列腺癌的进展的材料和方法

摘要

区分和鉴定具有侵袭性/惰性前列腺腺癌的患者的方法，其包括在杂交条件下使来自患者的样品与可检测标记的探针组接触，并确定样品中染色体异常的存在；用于这样的方法的探针组；和包含探针组和用于将患者区分或鉴定为具有侵袭性/惰性前列腺腺癌的说明书的试剂盒。

主权项

区分具有侵袭性前列腺腺癌的患者和具有惰性前列腺腺癌的患者的方法，所述方法包括：(a)在杂交条件下使来自所述患者的样品与以下接触：(i)可检测标记的探针组，其由MYC的基因座特异性探针和FGFR1的基因座特异性探针组成，(ii)可检测标记的探针组，其包含MYC的基因座特异性探针、FGFR1的基因座特异性探针和ERG的分离探针，(iii)可检测标记的探针组，其包含MYC的基因座特异性探针、FGFR1的基因座特异性探针、ERG的分离探针和PTEN的基因座特异性探针，(iv)可检测标记的探针组，其包含MYC的基因座特异性探针、FGFR1的基因座特异性探针、ERG的分离探针和MYCN的基因座特异性探针，(v)可检测标记的探针组，其包含MYC的基因座特异性探针、FGFR1的基因座特异性探针、ERG的分离探针和MDM2的基因座特异性探针，(vi)可检测标记的探针组，其包含MYC的基因座特异性探针、FGFR1的基因座特异性探针、ERG的分离探针和NKX3.1的基因座特异性探针，(vii)可检测标记的探针组，其包含MYC的基因座特异性探针、ETV1的分离探针、FGFR1的基因座特异性探针和P27的基因座特异性探针，(viii)可检测标记的探针组，其包含MYC的基因座特异性探针、FGFR1的基因座特异性探针、PTEN的基因座特异性探针和染色体8的染色体计数探针(CEP8)，(ix)可检测标记的探针组，其包含染色体8的染色体计数探针、MYC的基因座特异性探针、ERG的分离探针和FGFR1的基因座特异性探针，(x)可检测标记的探针组，其包含染色体8的染色体计数探针、MYC的基因座特异性探针、ERG的分离探针和NKX3.1的基因座特异性探针，(xi)可检测标记的探针组，其包含染色体8的染色体计数探针、MYC的基因座特异性探针、ERG的分离探针和FGFR1的基因座特异性探针，(xii)可检测标记的探针组，其包含染色体8的染色体计数探针、MYC的基因座特异性探针、ERG的分离探针和MYCN的基因座特异性探针，(xiii)可检测标记的探针组，其包含染色体8的染色体计数探针、MYC的基因座特异性探针、ERG的分离探针和MDM2的基因座特异性探针，(xiv)可检测标记的探针组，其包含染色体8的染色体计数探针、MYC的基因座特异性探针、ETV1的分离探针和FGFR1的基因座特异性探针，(xv)可检测标记的探针组，其包含AURKA的基因座特异性探针、MYC的基因座特异性探针、ERG的分离探针和FGFR1的基因座特异性探针，(xvi)可检测标记的探针组，其包含染色体8的染色体计数探针、MYC的基因座特异性探针、ERG的分离探针和PTEN的基因座特异性探针，(xvii)可检测标记的探针组，其包含MYC的基因座特异性探针、ERG的分离探针、FGFR1的基因座特异性探针和P27的基因座特异性探针，或(xviii)可检测标记的探针组，其包含AURKA的基因座特异性探针、染色体8的染色体计数探针、MYC的基因座特异性探针和ERG的分离探针，其中组(i)‑(vi)、(viii)、(xi)、(xiv)、(xv)和(xvii)中的FGFR1的基因座特异性探针用于确定FGFR1的%损失，其中组(vii)、(ix)和作为FGFR1的%损失的替代方案的(xiv)中的FGFR1的基因座特异性探针用于确定FGFR1的％增加，其中组(ix)‑(xiv)、(xvi)和(xviii)中的CEP8用于确定CEP8的%损失，其中组(iii)和(viii)中的PTEN的基因座特异性探针用于确定PTEN的％纯合损失，其中组(xvi)中的PTEN的基因座特异性探针用于确定PTEN的％损失，且其中组(viii)和作为FGFR1的%增加的替代方案的(ix)中的FGFR1和CEP8的基因座特异性探针用于确定FGFR1/CEP8比率的％损失，和(b)确定所述样品中的染色体异常的存在，其中MYC %增加(%增加是MYC拷贝数> 2的细胞的％)大于或等于2至小于或等于30，其中FGFR1 ％损失(％损失是FGFR拷贝数< 2的细胞的％)大于或等于15至小于或等于40，其中FGFR1 %增加(%增加是FGFR拷贝数> 2的细胞的％)大于或等于2至小于或等于46，其中CEP8 %损失(％损失是CEP8拷贝数< 2的细胞的％)大于或等于21至小于或等于36，其中CEP8 %增加(％增加是CEP8拷贝数>2的细胞的％)大于或等于15至小于或等于40，其中FGFR1/CEP8 %损失大于或等于13至小于或等于72，其中PTEN %纯合损失(％纯合损失是PTEN拷贝数为零的细胞的％)大于或等于2且小于或等于40，其中PTEN %损失(％损失是PTEN拷贝数小于2的细胞的％)大于或等于10至小于或等于50，其中ERG 2+Edel大于或等于1至小于或等于30，其中MYCN %增加(%增加是MYCN拷贝数> 2的细胞的％)大于或等于2至小于或等于30，其中MDM2 %增加(%增加是MDM2拷贝数> 2的细胞的％)大于或等于2至小于或等于20，其中NKX3.1 %损失(％损失是NKX3.1拷贝数< 2的细胞的％)大于或等于10至小于或等于50，其中ETV1％易位/缺失大于或等于1至小于或等于20，其中P27 %损失(％损失是P27拷贝数< 2的细胞的％)大于或等于10至小于或等于50，或其中AURKA %增加(％增加是AURKA拷贝数>2的细胞的％)大于或等于1至小于或等于20表明所述患者具有发展侵袭性前列腺腺癌的高风险，而上述无一表明所述患者具有惰性前列腺腺癌，由此区分具有侵袭性前列腺腺癌的患者与具有惰性前列腺腺癌的患者。