[发明专利]用于定量评价DNA-蛋白质复合物密度的组合物和方法

摘要

本发明的一个方面描述了定量测量染色质中给定DNA基因座上结合DNA的蛋白的密度和占据百分比的材料和方法，所述结合DNA的蛋白例如组蛋白、组蛋白变体、组蛋白翻译后修饰物和转录因子。一个实施方案测量了特定基因座上某因子(factor)的平均数量并控制涉及抗体质量的许多缺陷和处理事宜。其它实施方案包括校准和量化染色质免疫沉淀试验、评估亲和剂特异性以及试剂盒中所需的试剂及其配制。另一个实施方案允许通过测量基因组基因座上组蛋白修饰密度来进行病症或疾病的诊断。

主权项

1.测定细胞染色质中基因组基因座上核心组蛋白第一表位的密度的方法，所述方法用于非诊断目的并且包括：由所述染色质制备天然核小体库，其中所述库包含核小体，每个核小体含有核心组蛋白和指示所述基因组基因座的核小体核苷酸序列，并且至少一个核小体包含所述第一表位；将标准物添加至所述库以生成掺杂库；其中所述标准物含有重构核小体，所述重构核小体包含(i)具有所述第一表位的标准组蛋白或标准组蛋白片段和(ii)含有连接至条形码分子的标准核苷酸序列的标准分子，其中所述标准组蛋白或标准组蛋白片段与所述标准核苷酸序列形成稳定的蛋白质‑DNA结合体；将第一亲和剂添加至所述掺杂库以捕获一定量的含有所述第一表位的天然核小体和含有所述第一表位的标准物；通过将与所捕获的含所述第一表位的天然核小体相关的给定核苷酸序列的量和与掺杂库输入量的天然核小体相关的给定核苷酸序列的量进行比较，来测定所述第一表位的相对基因组丰度；通过将与所捕获的标准物相关的条形码序列的量和与掺杂库输入量的标准物相关的给定核苷酸序列的量进行比较，来测定对所述第一表位的标准捕获效率；以及通过将所述相对基因组丰度与所述标准捕获效率进行比较，来测定所述基因组基因座上核心组蛋白的第一表位的密度。