[发明专利]一种基因组代谢网络模型自动化修正方法

摘要

本发明公开了一种基因组代谢网络模型自动化修正方法，利用了超文本传送协议和Java控件HttpClient相结合、并利用图像处理算法，实现自动提交并分析网站脚本语义，基于KEGG、MetaCyc、MetRxn在线数据库以及多个蛋白区间定位预测网站对基因组规模代谢网络模型进行了自动化断点补齐，同时通过蛋白区间预测结果和权重打分机制确定可信度高的特异性反应，完成代谢网络粗模型的自动化修正过程。利用本发明所述的方法进行基因组代谢网络模型修正的优点是更加省时、方便，且所得修正模型更为全面、准确。

主权项

一种基因组代谢网络模型自动化修正方法，其特征是，包括以下步骤：(1)、根据基因组代谢网络模型中的漏洞代谢物列表，填补物种的特异性反应；(2)、根据物种的特异性反应中代谢物名称，确定模型中反应的方向；(3)、确定模型中最佳反应区间；步骤(1)包括：(1A)、使用matlab软件，将基因组代谢网络粗模型转化为计算机可读格式，并进行代谢物漏洞查找；(1B)、向KEGG网站的自动注释服务器KASS提交物种的基因组蛋白序列，KASS自动注释返回该蛋白序列发生的Pathway list；(1C)、在粗模型中确定漏洞代谢物的反应途径，并在步骤(1B)中得到的Pathway list中找到该反应途径；(1D)、根据步骤(1C)中找到的漏洞代谢物的反应途径得到基因代谢网络的图谱的URL地址，向URL地址发送http请求，得到服务器端响应的网页图片记为图谱T，图谱T中包括代谢途径方框；(1E)、点击步骤(1D)中图谱T的代谢途径方框，进入包含所有反应的页面page，页面page中包括蛋白序列的EC号，每一个EC号对应图谱T中的一个具体反应，EC号的URL地址指向具体的反应方程式；(1F)、获取EC号在页面page中所对应的KO号和具体的反应方程Reaction，新建文件KO‑EC‑Reaction.txt，将EC号和与之对应的KO号、反应方程Reaction写入文件KO‑EC‑Reaction.txt；(1G)、按行读取步骤(1F)中文件KO‑EC‑Reaction.txt的内容，循环遍历，提取KO‑EC‑Reaction文件中包含漏洞代谢物的反应，新建文件EC‑KO‑Break.txt，将包含漏洞代谢物的EC号，KO号，反应方程Reaction的信息保存在文件EC‑KO‑Break.txt中；(1H)、确定步骤(1G)提取的包含漏洞代谢物的反应是否是该基因组的特异性反应；(1I)、新建new‑rec.txt文件，将特异性反应保存到new‑rec.txt文件中，遍历new‑rec.txt文件中的每一个反应，查看粗模型中是否存在该反应，不存在则添加。