[发明专利]鉴定具有相互作用的组分的生物分子的方法、系统和软件

摘要

本发明提供了用于快速并有效搜索生物学上相关的数据空间的方法。更特别地，本发明提供了用于从复杂的生物分子文库或多组此类文库的中鉴定具有期望的特性的生物分子或最适于获得此类特性的生物分子的方法。本发明还提供了用于对序列‑活性关系建模的方法，包括但不限于递加或递减技术(stepwise addition or substraction techniques)、贝叶斯回归、集成回归(ensemble regression)和其他方法。本发明还提供了用于执行本文提供的方法的数字化系统和软件。

主权项

一种用于鉴定影响期望活性的生物分子方法，所述方法包括：(a)接收针对多个生物分子的序列和活性数据；(b)由所述序列和活性数据制作基础模型，其中所述基础模型将活性预测为所述序列的亚单位的存在或不存在的函数，并且所述基础模型不包括来自限定的交互作用项集合的交互作用项；(c)制作多个新模型，其中每个新模型通过从所述限定的交互作用项集合选择交互作用项并将所选择的交互作用项加入到所述基础模型来获得，以使得每个新模型包括单个交互作用项；(d)确定所述多个新模型将所述活性预测为所述亚单位的存在或不存在的函数的能力；(e)基于在(d)中确定的每个新模型的预测活性的能力以及每个新模型对包括另外的交互作用项的偏倚在所述多个新模型中鉴定至少一个最佳模型；(f)使用所述至少一个最佳模型代替所述基础模型来重复(c)，并加上与(c)中加上的交互作用项不同的交互作用项；(g)使用所述至少一个最佳模型代替所述基础模型来重复(d)和(e)；以及(h)重复(f)和(g)一次或更多次。