[发明专利]碱基序列对准系统及方法在审
| 申请号： | 201410276504.6 | 申请日： | 2014-06-19 |
| 公开（公告）号： | CN104239749A | 公开（公告）日： | 2014-12-24 |
| 发明（设计）人： | 朴旻壻 | 申请（专利权）人： | 三星SDS株式会社 |
| 主分类号： | G06F19/18 | 分类号： | G06F19/18 |
| 代理公司： | 北京铭硕知识产权代理有限公司 11286 | 代理人： | 孙昌浩;韩芳 |
| 地址： | 韩国*** | 国省代码： | 韩国;KR |
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| 摘要： | 本发明公开一种碱基序列对准系统及方法。根据本发明的一个实施例的一种碱基序列对准系统，包括：种子生成单元，由所接收的短片段(read)生成多个种子(seed)；筛选单元，将生成的所述种子映射于参考序列(reference sequence)，并通过考虑映射的种子之间的间隔(gap)而选择所述映射的种子中的全局对准对象种子；对准单元，在被选择的所述种子的所述参考序列上的映射位置上执行所述短片段的针对所述参考序列的全局对准(global alignment)。 | ||
| 搜索关键词： | 碱基 序列 对准 系统 方法 | ||
【主权项】：
一种碱基序列对准系统，包括：种子生成单元，由所接收的短片段生成多个种子；筛选单元，将生成的所述种子映射于参考序列，并通过考虑映射的种子之间的间隔而选择所述映射的种子中的全局对准对象种子；对准单元，在被选择的所述种子的所述参考序列上的映射位置上执行所述短片段的针对所述参考序列的全局对准。
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G06 计算；推算；计数
G06F 电数字数据处理
G06F19-00 专门适用于特定应用的数字计算或数据处理的设备或方法
G06F19-10 .生物信息学，即计算分子生物学中的遗传或蛋白质相关的数据处理方法或系统
G06F19-12 ..用于系统生物学的建模或仿真，例如：概率模型或动态模型，遗传基因管理网络，蛋白质交互作用网络或新陈代谢作用网络
G06F19-14 ..用于发展或进化的，例如：进化的保存区域决定或进化树结构
G06F19-16 ..用于分子结构的，例如：结构排序，结构或功能关系，蛋白质折叠，结构域拓扑，用结构数据的药靶，涉及二维或三维结构的
G06F19-18 ..用于功能性基因组学或蛋白质组学的，例如：基因型–表型关联，不均衡连接，种群遗传学，结合位置鉴定，变异发生，基因型或染色体组的注释，蛋白质相互作用或蛋白质核酸的相互作用
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