[发明专利]用于肝样本的分类和局灶性结节不典型增生、肝细胞腺瘤和肝细胞癌的诊断的新方法

摘要

本发明涉及肝疾病、其分类和诊断的技术领域。本发明提供了一种新方法，该方法使用用参照样本校准的算法、根据体外基因表达谱的确定和表达谱的分析，用于分类非肝细胞样本间的肝样本；进一步分类为亚组G1至G6之一的肝细胞癌(HCC)样本；局灶性结节不典型增生(FNH)样本；进一步分类为HNF1A突变的HCA、炎性HCA、β连环蛋白突变的HCA或其它HCA样本的肝细胞腺瘤(HCA)样本；和其它良性肝样本。本发明还提供了用于分类肝样本的试剂盒，以及根据对受试者肝样本的初步分类治疗所述受试者中肝疾病的方法。

主权项

一种用于在体外分类作为非肝细胞样本、肝细胞癌(HCC)样本、局灶性结节不典型增生(FNH)样本、肝细胞腺瘤(HCA)样本或其它良性肝样本的肝样本的方法，所述方法包括：a)在体外确定来自所述肝样本的包括或由以下38个基因组成的表达谱：EPCAM，HNF4A，CYP3A7，FABP1，HAL，AFP，GNMT，TFRC，C8A，CAP2，LCAT，ANGPT2，AURKA，CDC20，DHRS2，LYVE1，ADM，ANGPTL7，GLUL，ANGPT1，HMGB3，GMNN，RAMP3，RHBG，UGT2B7，LGR5，RARRES2，RBM47，GIMAP5，AKR1B10，GLS2，KRT19，ESR1，SDS，MERTK，EPHA1，CCL5和CYP2C9，和任选地一个或多个内部对照基因；b)根据对包含或由以下9个基因组成的表达谱测得的表达水平：EPCAM,HNF4A,CYP3A7,FABP1,HAL,AFP,GNMT,TFRC和C8A，和任选地一个或多个内部对照基因，使用至少一种用至少一个参照肝样本校准的算法，确定所述肝样本是肝细胞或是非肝细胞样本；c)如果所述肝样本是肝细胞样本，则根据对包含或由以下9个基因组成的表达谱测得的表达水平：AFP,CAP2,LCAT,ANGPT2,AURKA,CDC20,DHRS2,LYVE1和ADM，和任选地一个或多个内部对照基因，使用至少一种用至少一个参照肝样本校准的算法，确定所述肝细胞样本是HCC样本或是良性肝细胞样本；d)如果所述肝样本是良性肝细胞样本，则根据对包含或由以下13个基因组成的表达谱测得的表达水平：HAL,ANGPTL7,GLUL,ANGPT1,HMGB3,GMNN,RAMP3,RHBG,UGT2B7,LGR5,RARRES2,RBM47和GIMAP5，和任选地一个或多个内部对照基因，使用至少一种用至少一个参照肝样本校准的算法，确定所述良性肝细胞样本是否是FNH样本；e)如果所述肝样本是良性肝细胞样本，则根据对包含或由以下13个基因组成的表达谱测得的表达水平：HAL,CYP3A7,LCAT,LYVE1,AKR1B10,GLS2,KRT19,ESR1,SDS,MERTK,EPHA1,CCL5和CYP2C9，和任选地一个或多个内部对照基因，使用至少一种用至少一个参照肝样本校准的算法，确定所述良性肝细胞样本是否是HCA样本；f)如果所述良性肝细胞样本既不是FNH样本也不是HCA样本，则其被分类为其它良性肝样本。