[发明专利]基于可极化力场以及pso优化的蛋白质设计方法无效
| 申请号： | 201210563431.X | 申请日： | 2012-12-21 |
| 公开（公告）号： | CN103886225A | 公开（公告）日： | 2014-06-25 |
| 发明（设计）人： | 李国辉;张鼎林 | 申请（专利权）人： | 中国科学院大连化学物理研究所 |
| 主分类号： | G06F19/10 | 分类号： | G06F19/10 |
| 代理公司： | 沈阳科苑专利商标代理有限公司 21002 | 代理人： | 许宗富 |
| 地址： | 116023 *** | 国省代码： | 辽宁;21 |
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| 摘要： | 本发明涉及基于可极化力场以及pso优化的蛋白质设计方法，包括以下步骤：通过蛋白质设计模板得到若干个蛋白质；对每一个蛋白质进行如下优化：在4n维空间中连续移动的每一个粒子的子向量在rotamerlib中寻找最近的rotamer；然后用这些找到的rotamer构造一个临时的粒子；计算每个临时粒子的适应度，并根据这些临时粒子的适应度更新局部最优粒子以及邻居最优粒子；并更新所有非临时粒子位置速度；通过比较所有邻居最优粒子的位置得到全局最优位置；用粒子群进行侧链构象组合空间搜索得到优化后的蛋白质。本发明使用了pso处理离散问题，利用了pso高效性，采用可极化力场作为评价的基础；并可以在理论上对蛋白质进行改造进行预测，在理论上进行筛选。 | ||
| 搜索关键词： | 基于 极化 力场 以及 pso 优化 蛋白质 设计 方法 | ||
【主权项】：
基于可极化力场以及pso优化的蛋白质设计方法，其特征在于包括以下步骤：通过蛋白质设计模板得到若干个蛋白质；对每一个蛋白质进行如下优化：在4n维空间中连续移动的每一个粒子的子向量在rotamerlib中寻找最近的rotamer；然后用这些找到的rotamer构造一个临时的粒子；计算每个临时粒子的适应度，并根据这些临时粒子的适应度更新局部最优粒子以及邻居最优粒子；并更新所有非临时粒子位置速度；通过比较所有邻居最优粒子的位置得到全局最优位置；粒子群优化结束；用粒子群进行侧链构象组合空间搜索得到优化后的蛋白质。
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G06 计算；推算；计数
G06F 电数字数据处理
G06F19-00 专门适用于特定应用的数字计算或数据处理的设备或方法
G06F19-10 .生物信息学，即计算分子生物学中的遗传或蛋白质相关的数据处理方法或系统
G06F19-12 ..用于系统生物学的建模或仿真，例如：概率模型或动态模型，遗传基因管理网络，蛋白质交互作用网络或新陈代谢作用网络
G06F19-14 ..用于发展或进化的，例如：进化的保存区域决定或进化树结构
G06F19-16 ..用于分子结构的，例如：结构排序，结构或功能关系，蛋白质折叠，结构域拓扑，用结构数据的药靶，涉及二维或三维结构的
G06F19-18 ..用于功能性基因组学或蛋白质组学的，例如：基因型–表型关联，不均衡连接，种群遗传学，结合位置鉴定，变异发生，基因型或染色体组的注释，蛋白质相互作用或蛋白质核酸的相互作用
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