[发明专利]基于BLAST的分布式基因序列比对方法

摘要

本发明涉及计算机和生物信息学技术领域，公开了一种基于BLAST的分布式基因序列比对方法，包括：S1、程序对用户参数进行解析，并确定MPI线程个数，读取查询序列文件，根据任务个数分割查询序列，每个MPI线程读取各自的MPI线程序号；S2、根据MPI线程序号判断当前MPI线程是否为头节点，如果当前MPI线程是头节点，则等待其它MPI线程的通信请求，如果有则响应，并将当前任务分配给提出通信请求的线程；继续分配任务；如果当前MPI线程不是头节点，则先向头节点请求任务序号，根据任务序号读取查询序列文件片段，并执行BLAST，得到BLAST比对结果，然后将任务序号减1，执行BLAST完再请求任务序号；S3、合并所有BLAST比对结果。本发明能降低生物信息学研究的硬件成本。

主权项

一种基于BLAST的分布式基因序列比对方法，其特征在于，包括以下步骤：S1、程序对用户参数进行解析，并确定MPI线程个数，读取查询序列文件，根据任务个数分割查询序列文件得到查询序列文件片段，然后每个MPI线程分别读取各自的MPI线程序号；S2、根据所述MPI线程序号判断当前MPI线程是否为头节点，如果当前MPI线程是头节点，则等待其它MPI线程的通信请求，如果有通信请求则响应其它MPI线程的通信请求，并将当前任务分配给提出通信请求的线程，将任务序号减1；继续分配任务，直到所有任务分配完毕，则结束当前MPI线程；如果当前MPI线程不是头节点，则先向头节点请求任务序号，根据任务序号读取查询序列文件片段，并对数据库执行BLAST，得到BLAST比对结果，然后将任务序号减1，执行BLAST完毕再请求任务序号；继续执行BLAST，直至最后一个任务；S3、合并所有的BLAST比对结果。