[发明专利]一种抽取蛋白质相互作用关系的方法

摘要

本发明公开了一种抽取蛋白质相互作用关系的方法，包括：对自然语句进行句法分析，确定该自然语句的完全句法树，在该完全句法树中提取两个蛋白质名称之间的最短成分路径；对自然语句进行依存关系分析，确定该自然语句的依存关系树，在该依存关系树中提取两个蛋白质名称之间的最短依存路径；根据最短依存路径扩展最短成分路径，确定扩展后的成分路径为该自然语句的关系树；利用预存的分类模型对该关系树进行二元分类。本发明公开的抽取方法，关系树中包含了丰富的结构化信息，具有较好的通用性，其精度和召回率得到了提高，总体性能较好，同时减小了系统开销。

主权项

1.一种抽取蛋白质相互作用关系的方法，其特征在于，用于在包含两个蛋白质名称的自然语句中抽取蛋白质相互作用关系，所述方法包括：对所述自然语句进行句法分析，确定所述自然语句的完全句法树，在所述完全句法树中提取所述两个蛋白质名称之间的最短成分路径；对所述自然语句进行依存关系分析，确定所述自然语句的依存关系树，在所述依存关系树中提取所述两个蛋白质名称之间的最短依存路径；根据所述最短依存路径扩展所述最短成分路径，确定扩展后的成分路径为所述自然语句的关系树；利用预存的分类模型对所述关系树进行二元分类，当不小于0时，确定所述关系树为蛋白质相互作用关系，其中，t_j为分类模型中的支撑向量，a_tj为分类模型中的支撑向量的权重，为分类模型中的支撑向量t_j的实例，为分类模型中的支撑向量t_j的标号，z为所述自然语句的关系树，为卷积树核函数。