[发明专利]检测山羊促性腺激素释放激素和生长分化因子9的碱基突变多态性的方法

摘要

本发明公开了一种检测山羊促性腺激素释放激素基因外显子4和生长分化因子9基因外显子2三个碱基突变多态性的方法，以山羊基因组DNA序列为模板，在Taq DNA聚合酶、缓冲环境、Mg2+、dNTPs存在的情况下，利用2对引物P1和P2在PCR条件下进行扩增，根据琼脂糖凝胶电泳对其进行目的片段大小判定；采用聚丙烯酰胺凝胶电泳检测引物P1和P2的PCR扩增产物，发现这两个扩增位点存在3个碱基的突变，然后对两个基因的SNPs进行基因分型和基因频率分析，以及与布尔山羊和西农萨能奶山羊的产羔性状之间进行关联分析；结果表明：GnRH基因外显子4(包含部分内含子3和3′非翻译区)和GDF9基因外显子2基因由引物P1和P2检测的SNPs位点可用作山羊产羔性状选择的分子标记。

主权项

一种检测山羊促性腺激素释放激素基因外显子4和生长分化因子9基因外显子2的三个碱基突变多态性的方法，其特征在于，以山羊基因组DNA为模板，在Taq DNA聚合酶、缓冲环境、Mg2+、dNTPs存在的情况下，利用2对引物P1和引物P2在PCR条件下进行扩增，其中，引物P1用于扩增促性腺激素释放激素基因外显子4以及部分内含子3和3′非翻译区，筛查山羊促性腺激素释放激素基因位点的突变；引物P2用于扩增生长分化因子9的外显子2，筛查山羊生长分化因子9的外显子2位点的突变；根据琼脂糖凝胶电泳对引物P1和P2的PCR扩增产物进行大小判定，采用聚丙烯酰胺凝胶电泳检测引物P1和P2的PCR扩增产物，发现这两个扩增位点存在3个碱基的突变，其中促性腺激素释放激素基因外显子4，包含部分内含子3和3′非翻译区存在2个基因突变，即185bp处有一个C→T的突变，在336处有一个引起C→T的突变，其中第一个突变在intron 3中，第二处突变在3′UTR；生长分化因子9外显子2的127bp出有1个A→G的碱基突变，导致第396位氨基酸由缬氨酸变为异亮氨酸；然后对这两个基因的SNPs进行基因分型和基因频率分析，以及与布尔山羊和西农萨能奶山羊的产羔性状之间进行关联分析；结果表明：促性腺激素释放激素基因外显子4，包含部分内含子3和3′非翻译区和生长分化因子9基因外显子2基因由引物P1和P2检测的SNPs位点可用作山羊产羔性状选择的分子标记；所述的引物P1如下：上游引物1F：5′-ACCTCTGTCCTCACACCCTA-3′；下游引物1R：5′-CATTCATGCCATTTTATTCC-3′；所述的引物P2如下：上游引物2F：5′-CCATGACTTTAGACTTAGC-3′；下游引物2R：5′-TGGTTTTACTTGACAGGAG-3′。