[发明专利]蛋白质组过滤进化分类方法及其系统无效
| 申请号： | 201010154839.2 | 申请日： | 2010-04-20 |
| 公开（公告）号： | CN101840467A | 公开（公告）日： | 2010-09-22 |
| 发明（设计）人： | 王嵬;段红军 | 申请（专利权）人： | 中国科学院研究生院 |
| 主分类号： | G06F19/00 | 分类号： | G06F19/00 |
| 代理公司： | 北京市商泰律师事务所 11255 | 代理人： | 麻吉凤;毛燕生 |
| 地址： | 100049 *** | 国省代码： | 北京;11 |
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| 摘要： | 本发明公开了一种蛋白质组过滤进化分类方法及其系统，所述方法包括：原始数据获取步骤，获取所要进行分类的物种的基因组数据和蛋白质组数据(S110)；预测步骤，基于所述基因组数据，预测基因组序列中的横向转移基因(S120)；过滤步骤，基于蛋白质组数据和横向转移基因，在蛋白质组中过滤掉与横向转移基因对应的蛋白质序列(S130)；计算步骤，用过滤后的蛋白质组序列计算物种间进化距离(S140)；以及推断步骤，利用物种间的进化距离推断物种间的系统发生关系(S150)。根据本发明，可以排除在推断生物系统发生过程时存在的由横向基因转移所引起的干扰信息，从而可以使推断出的生物系统发生过程更加准确，为生物进化分类提供更加可靠的分类依据。 | ||
| 搜索关键词： | 蛋白质 过滤 进化 分类 方法 及其 系统 | ||
【主权项】：
一种蛋白质组过滤进化分类方法，包括：原始数据获取步骤，获取所要进行分类的物种的基因组数据和蛋白质组数据；预测步骤，基于所述基因组数据，预测基因组序列中的横向转移基因；过滤步骤，基于所述蛋白质组数据和所述横向转移基因，在蛋白质组中过滤掉与所述横向转移基因对应的蛋白质序列；计算步骤，用过滤后的所述蛋白质组序列计算物种间进化距离；以及推断步骤，利用所述物种间的进化距离推断物种间的系统发生关系。
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G06F19-12 ..用于系统生物学的建模或仿真，例如：概率模型或动态模型，遗传基因管理网络，蛋白质交互作用网络或新陈代谢作用网络
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