[发明专利]识别期望特异性序列的结合蛋白的合理设计

摘要

提供产生结合蛋白的方法和组合物，所述结合蛋白识别合理选择的识别序列，在该识别序列中使用与识别序列中选择的特异性靶模块的识别相关的一个或多个鉴定位置处的一组蛋白质的成员蛋白的位点定向诱变，将第一氨基酸取代为第二氨基酸。提供一个系统，所述系统自动化储存和操作结合蛋白中氨基酸残基位置和类型与靶识别序列中特异性位置处的特异性模块之间的相关性，并且所述系统用于设计和产生具有新特异性的蛋白质。

主权项

一种方法，其包括：(a)使用初始的结合蛋白在BLAST检索中查询数据库来产生结合蛋白组，其中每个结合蛋白具有限定的氨基酸序列，使得在BLAST检索中，对于大于200个氨基酸的序列，所述氨基酸序列的组具有小于e 20的期望值(E)，或者对于小于200个氨基酸的序列，具有小于e 10的期望值(E)；每个结合蛋白结合底物中的特异性靶识别序列，所述靶识别序列含有位置特异性模块；(b)比对由所述组中所述结合蛋白识别的靶识别序列；(c)比对所述组的所述结合蛋白的氨基酸序列；和(d)鉴定所述识别序列中比对的位置特异性模块和所述结合蛋白的比对的氨基酸序列中一个或多个位置特异性氨基酸之间的相关性。