[发明专利]检测甲氧西林抗性金黄色葡萄球菌的方法以及用于所述方法的引物、探针和试剂盒

摘要

本发明涉及检测样品中甲氧西林抗性的金黄色葡萄球菌(MRSA)的存在或不存在的方法，所述方法包括进行扩增步骤、杂交步骤和检测步骤。此外，本发明涉及用于MRSA的检测的引物、探针和试剂盒。

主权项

1.检测样品中甲氧西林抗性金黄色葡萄球菌(MRSA)的存在或不存在的方法，所述方法包括(a)进行扩增步骤，包括用MRSA引物组接触所述样品来产生扩增产物，如果MRSA存在于所述样品中，(b)进行杂交步骤，包括用MRSA探针对接触步骤(a)的所述扩增产物，其中MRSA探针对的第一MRSA探针是用供体荧光部分标记的，以及其中所述MRSA探针对的第二MRSA探针是用相应的接受体荧光部分标记的；以及(c)检测所述第一MRSA探针的供体荧光部分和所述第二MRSA探针的接受体荧光部分之间荧光共振能量转移(FRET)的存在或不存在，其中FRET的存在是样品中存在MRSA的指示，以及其中FRET的不存在是样品中不存在MRSA的指示，其中所述方法能够检测MRSA的I到V型葡萄球菌染色体盒(SCCmec)的每一种，以及其中所述引物组包括(i)特异于RE2型MRSA的引物，特别是包含或由核酸序列组成的引物，所述核酸序列选自-5’-GCA ATT CAC ATA AAC CTC ATA TGT TC-3’(AR mec1 fwd；SEQ ID NO：1)，-5’-ACC TCA TAT GTT CTG ATA CAT TCA-3’(AR mec2 fwd；SEQID NO：2)，-5’-GCA ATT CAC ATA AAC CTC ATA T-3’(AR mec3 fwd；SEQ IDNO：3)，-5’-CAT AAC AGC AAT TCA CAT AAA CCT C-3’(AR mec4 fwd；SEQ ID NO：4)，-5’-TAA CAG CAA TTC ACA TAA ACC T-3’(AR mec5 fwd；SEQ IDNO：5)，-5′-CGC TAT TAT TTA CTT GAA ATG AAA GAC-3′(AR mec6 fwd；SEQ ID NO：6)，-5′-CTT GAA ATG AAA GAC TGC GGA-3′(AR mec7 fwd；SEQ IDNO：7)，-5′-TTG CTT CAC TAT AAG TAT TCA GTA TAA AGA-3′(AR mec8fwd；SEQ ID NO：8)，-5′-ATT TAC TTG AAA TGA AAG ACT GCG-3′(AR mec9 fwd；SEQID NO：9)，-5′-AAA GAA TAT TTC GCT ATT ATT TAC TTG AA-3′(AR mec 10fwd；SEQ ID NO：10)，-5′-TCA GTA TAA AGA ATA TTT CGC TAT TAT TT-3′(AR mec 11fwd；SEQ ID NO：11)，-5′-TGA AAT GAA AGA CTG CGG AG-3′(AR mec 12fwd；SEQ IDNO：12)，-5’AAC CTC ATA TGT TCT GAT ACA TTC AAA-3’(JU1 fwd；SEQIDNO：13)，-5′-TAT GTC AAA AAT CAT GAA CCT CAT TAC T-3′(JU2fwd；SEQ IDNO：14)，-5′-CAT AAC AGC AAT TCA CAT AAA CCT C-3′(JU3fwd；SEQ IDNO：15)，-5′-GAC TGC GGA GGC TAA CT-3′(JU4fwd；SEQ ID NO：16)，-5′-ATC CCT TTA TGA AGC GGC-3′(JU5fwd；SEQ ID NO：17)，和-5’-TGA AAT GAA AGA CTG CGG AG-3’(MRSA direct RE2fwd；SEQ IDNO：92)，尤其是ARmec 11fwd或ARmec 12fwd或MRSA direct RE2fwd，特别是MRSA direct RE2fwd；和(ii)特异于RE3型MRSA的引物，特别是包含或由核酸序列组成的引物，所述核酸序列选自-5’-GCA AGG TAT AAT CCA ATA TTT CAT ATA TGT-3’(ARmecA 3/1；SEQ ID NO：18)，-5’-AGT TCC ATA ATC AAT ATA ATT TGT ACA GT-3’(AR mecA3/2；SEQ ID NO：19)，-5’-ACA TCG TAT GAT ATT GCA AGG TA-3’(AR mecA 3/3；SEQID NO：20)，-5’-CTT TCA TTC TTT CTT GAT TCC ATTAG-3’(AR mecA 3/4；SEQ ID NO：21)，-5’-CAC TCT ATA AAC ATC GTA TGA TAT TGC-3’(AR mecA 3/5；SEQ ID NO：22)，-5’-TTC TTA ATT TAA TTG TAG TTC CAT AAT CAA-3’(AR mecA3/6；SEQ ID NO：23)，-5′-AAT TAT ACA CAA CCT AAT TTT TAG TTT TAT-3’(AR mecA3/7；SEQ ID NO：24)，-5’-AAT TTT TAG TTT TAT TTA TGA TAC GCT TC-3’(AR mecA3/8；SEQ ID NO：25)，-5’-ACA CAA CCT AAT TTT TAG TTT TAT TTA TGA-3’(AR mecA3/9；SEQ ID NO：26)，-5′-TTT ATT AAA CAC TCT ATA AAC ATC GTA TGA-3′(AR mecA3/10；SEQ ID NO：27)，-5’-CCA CAT CTC ATT AAA TTT TTA AAT TAT ACA C-3’(ARmecA 3/13SEQ ID NO：28)，和-5’-CCA CAT CTC ATT AAA TTT TTA AAT TAT ACA C-3’(MRSAdirect RE3fwd；SEQ ID NO：93)，尤其是AR mecA 3/8或AR mecA 3/13或MRSA direct RE3fwd，特别是MRSA direct RE3fwd；和(iii)特异于RE7型MRSA的引物，特别是包含或由核酸序列组成的引物，所述核酸序列选自-5’-ATA TTA TAC ACA ATC CGT TTT TTA GTT TTA-3’(AR mec 5/1，SEQ IDNO：29)，-5’-ACA CAA TCC GTT TTT TAG TTT TAT TTA TG-3’(AR mec 5/2，SEQ IDNO：30)，-5’-TTC TAA TTT ATT TAA CAT AAA ATC AAT CCT-3’(AR mec 5/3，SEQ IDNO：31)，-5’-CAA TCC TTT TTA TAT TTA AAA TAT ATT ATA CAC-3’(ARmec 5/16SEQ ID NO：32)，和-5’-CAA TCC TTT TTA TAT TTA AAA TAT ATT ATA CAC-3’(MRSAdirect RE7fwd；SEQ ID NO：94)，尤其是AR mec 5/2或AR mec 5/16或MRSA direct RE7fwd，特别是MRSA direct RE7fwd。