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[发明专利]使用基于模型的优化来优化蛋白质-CN202180045514.7在审
发明人： K·K·杨;J·D·菲拉;M·巴拉诺夫;B·莫尼安 -专利权人：旗舰开拓创新六世公司
申请日： 2021-04-26 - 公布日： 2023-04-28 - 主分类号： G16B15/30 文献下载
摘要：人源化蛋白质可能是一个费力的过程，往往涉及反复试验或其他非系统性方法。为改善人源化，可以采用神经网络来生成具有更高的概率被人源化的新蛋白质序列。在实施例中，一种方法包括评估蛋白质序列的采样的免疫原性。该方法可以包括根据特定的所生成的蛋白质序列在免疫原性方面相比于该蛋白质序列的采样的特定百分位数的免疫原性具有偏差的估计概率对来自生成模型的蛋白质序列的采样进行加权。该方法可以进一步包括生成对蛋白质序列的采样加权的蛋白质序列。所生成的表示蛋白质的蛋白质序列具有改变的免疫原性。此类所生成的蛋白质被人源化的似然性更高。
使用基于模型优化蛋白质

[发明专利]适于在诊断斑块形成的诊断方法中使用的组合物和计算机实现的诊断方法-CN202180024102.5在审
发明人： L·阿克蒂戈雷塔;A·瓦尔塞西亚;L·埃格利;F·阿里戈尼;D·齐默曼;N·埃马米;M·N·博斯科;K·S·M·利奥;K·K·杨 -专利权人：新加坡科技研究局;新加坡保健服务私人有限公司;雀巢产品有限公司
申请日： 2021-03-29 - 公布日： 2023-03-21 - 主分类号： A23L33/00 文献下载
摘要：本发明整体涉及用于在诊断方法中使用的组合物的领域。特别地，本发明涉及用于在诊断方法中使用的组合物，其中该组合物是包含15g至70g的脂肪、60g至90g的碳水化合物和15g至35g的蛋白质的营养组合物。诊断方法可以是预测受试者体内的动脉粥样化斑块存在风险的方法。
适于诊断形成方法使用组合计算机实现

[发明专利]用于优化的保形推断-CN202180011156.8在审
发明人： M·K·吉布森;K·K·杨;M·巴拉诺夫;A·L·彼姆 -专利权人：旗舰开拓创新六世公司
申请日： 2021-01-29 - 公布日： 2023-01-31 - 主分类号： G16B25/00 文献下载
摘要：准确的函数估计和良好校准的不确定性对于贝叶斯优化(BO)很重要。BO的大多数理论保证都是针对使用从高斯过程(GP)先验中提取的替代物对目标函数进行建模的方法建立的。GP先验不适合离散的高维组合空间，例如生物聚合物序列。使用神经网络(NN)作为替代函数可以获得更准确的函数估计。使用NN可以允许任意复杂的模型，消除GP先验假设，并且使得能够进行简单的预训练，这在低数据BO方案中是有益的。然而，对NN中的不确定性进行完全贝叶斯处理仍然是难以进行的，并且现有的近似方法(如蒙特卡洛dropout和变分推断)可能会高度地误校准不确定性估计。保形推断优化(CI‑OPT)用使用保形推断计算的置信区间来替代某些BO采集函数中的后验不确定性。具有适于优化的性质的保形评分函数对标准BO数据集和真实世界的蛋白质数据集是有效的。
用于优化推断