本发明属于生物技术领域,特别是涉及一对与玉米穗粗QTL ZmED3紧密连锁的分子标记引物及其应用。本发明提供了一对与玉米穗粗QTL ZmED3紧密连锁的分子标记引物,所述分子标记引物的上游引物如SEQ ID NO:1所示,所述分子标记引物的下游引物如SEQ ID NO:2所示。本发明提供的分子标记引物与控制玉米穗粗性状的基因有紧密连锁的关系,能够准确扩增获得如SEQ ID NO:3或SEQ ID NO:4所示的核苷酸序列,因此具有扩增特异性高的特点。本发明提供的分子标记引物能够有效起到鉴定玉米穗粗性状的技术效果,能够有效地运用在玉米穗粗性状的遗传改良中。