本发明公开了一株磺胺类抗生素降解菌S‑3及其应用，该菌株被鉴定为曲霉菌(Aspergillus sp.)，已保藏于中国典型培养物保藏中心，保藏编号为CCTCC M 20221572。本发明降解菌S‑3在GMM培养基中对磺胺喹噁啉、磺胺间二甲氧嘧啶和磺胺二甲异恶唑均有较好的降解效果，其降解率分别为87.04％、76.5％和66.4％。该菌株能在短时间内降解养殖池溏底泥中的磺胺喹噁啉残留，降解率达84.67％，同时底泥中急性生物毒性有明显降低。本发明的菌株在修复养殖受磺胺喹噁啉残留污染的养殖环境方面具有很好的应用价值，能够有效降低磺胺喹噁啉残留对水产养殖环境、水产品和人体健康造成的不利影响。
