本发明属于生物化学领域,具体涉及Taq酶突变体及其在SNP相关研究上的应用。具体技术方案为:一种Taq酶突变体,所述Taq酶突变体由野生型C‑Taq酶突变而来,野生型C‑Taq酶的氨基酸序列如SEQ ID NO:1所示,在野生型C‑Taq酶基础上至少进行如下突变:将所述野生型C‑Taq酶的506号位点的苏氨酸突变为赖氨酸。本发明通过对野生型C‑Taq酶的关键活性位点进行的分析并进行定点突变,并使用高低GC目的片段的多对SNP分型引物探针对候选突变酶进行测试,筛选到两个对单碱基错配有更好区分能力的酶。本发明提供的突变体酶的单碱基错配探针起峰更低,分型准确度更高。本发明提供的突变体酶对中高低GC位点都能很好扩增,普适应广;使用这些突变体酶可以有效节省筛选MGB探针的成本。