本发明公开了辣椒CMS恢复基因分子标记引物对及其应用,分子标记引物对为引物对OP59或引物对PP5,引物对OP59的上游序列如SEQ ID NO:1所示,下游序列如SEQ ID NO:2所示;引物对PP5的上游序列如SEQ ID NO:3所示,下游序列如SEQ ID NO:4所示。经验证,本发明的两个分子标记引物能有效鉴定不育系014A和恢复系014C及其杂交后代细胞核内恢复基因的基因型,引物对OP59在不育的群体中准确率为100%,在可育单株中准确率为97.21%。引物对PP5在不育单株和纯合可育单株中准确率均为100%,本发明鉴定准确率高为分子标记辅助选育辣椒“三系”品种奠定了基础。