本发明公开了一种水稻高抗褐飞虱突变体arc3及其应用,其制备方法具体包括以下步骤:筛选水稻基因Os03g50150的sgRNA靶点序列;根据所述sgRNA靶点序列设计如SEQ ID NO.2和SEQ ID NO.3所示的引物;将所述引物混合并进行退火处理后,形成双链DNA;首先将双链DNA片段构建到pOs‑sgRNA载体上,然后转移到pH‑Ubi‑cas9载体上;将载体转入水稻组织中进行诱导经遗传转化获得水稻抗褐飞虱突变体arc3植株。在本发明中,通过降低水稻中Os03g50150基因或Os03g50150基因活性片段的表达或活性;显著提高水稻对褐飞虱的抗性。