本发明公开了黄瓜单性结实主效QTL Parth2.1的连锁分子标记及其应用。黄瓜单性结实主效QTL Parth2.1的连锁分子标记Indel‑16Y‑46，其上游引物:SEQ ID NO.1,下游引物:SEQ ID NO.2。本发明所述的分子标记在全雌强单性结实黄瓜新品种分子标记辅助育种中的应用。利用本发明分子标记对Parth2.1位点选择效率为100％。基于该分子标记开发了一种全雌强单性结实黄瓜新品种的分子标记辅助育种方法，获得的全雌强单性结实的黄瓜新品种是欧洲温室型黄瓜自交系品种，有较高的产量和优良的果实品质，可直接作为改良其他品种单性结实性和全雌性的骨干亲本。
