本发明提供一种与刺参体色相关的基因组合及其应用,所提供的基因可用于刺参不同体色的筛选研究,为刺参育种筛选提供分子标记。本发明所提供的与刺参体色相关的基因组合,其中包含有氨基酸序列为SEQ IDNO:1的TGFβ1基因,氨基酸序列为SEQ ID NO:2的TGFβ2基因、氨基酸序列为SEQ ID NO:3的Activin B基因、氨基酸序列为SEQ ID NO:4的Inhibin基因、氨基酸序列为SEQ ID NO:5的Nodal基因、氨基酸序列为SEQ ID NO:6的GDF8基因、氨基酸序列为SEQ ID NO:7的BMP2基因、氨基酸序列为SEQ ID NO:8的BMP4基因、氨基酸序列为SEQ ID NO:9的BMP3/3B基因,本发明另一个方面还提供上述的基因组合的一种用途,是在筛选检测不同体色刺参个体中的应用。