公开了包括引物和探针的组合物,其能够与公开的核酸相互作用,如本文公开的编码HIV的逆转录酶、蛋白酶或整合酶的核酸。因此,提供了包括SEQ ID NOS:1‑89、96‑122和124‑151所示的核苷酸序列中的任何一种的寡核苷酸。还提供了由SEQ ID NOS:1‑89、96‑122和124‑151所示的核苷酸组成的寡核苷酸。所公开的寡核苷酸中的每一种是探针或引物。还提供了引物和探针的混合物并用于本文公开的RT‑PCR和初级PCR反应中。提供了用于同时或连续地特异性检测HIV中几个突变的方法。可以使用本文描述的方法检测HIV的逆转录酶、蛋白酶或整合酶中的突变。