本发明提供了一种基于双酶切的简化基因组测序文库的构建方法,属于全基因组重测序技术领域,包括利用限制性内切酶MspI和MseI对基因组DNA进行酶切,将接头序列分别连接到酶切产物上,得到连接产物;将连接产物进行等质量混合,将得到的混合物进行双轮磁珠分选,得到350bp的片段;以得到的片段为模板,用引物对进行PCR扩增,将得到的扩增产物纯化后,构建得到基于双酶切的简化基因组测序文库;所述引物对的上游引物的序列如SEQ ID No.1所示,下游引物的序列如SEQ ID No.2所示。采用本发明提供的构建方法最终开发的SNP位点有225,744个,提高了SNP位点的开发。