本发明属于生物技术领域,具体公开了一种抗玉米赤霉烯酮的单链抗体、抗免疫复合物肽及应用,所述单链抗体的氨基酸序列如SEQ ID NO.5所示,所述单链抗体与传统常规抗体相比,其成本低、制备简便、可操作性强;本发明以玉米赤霉烯酮(ZEN)与单链抗体形成的免疫复合物为靶标,利用噬菌体展示技术筛选获得了一种能够特异性识别“单链抗体和ZEN免疫复合物”的抗免疫复合物肽,所述抗免疫复合物肽具有SEQ ID NO.6所示的氨基酸序列及SEQ ID NO.7所示的核苷酸序列,所述抗免疫复合物肽可以以噬菌体展示的形式进行大量制备,其可与本申请所述的单链抗体免疫磁珠一起实现ZEN的非竞争型分析检测,提供了ZEN高灵敏的非竞争型免疫分析方法。