本发明公开了一种核酸响应型COFs纳米晶体材料及其制备方法和应用,属于生物纳米材料制备技术领域。所述核酸响应型COFs纳米晶体材料包括所述的富含羧基的COFs纳米晶体材料以及通过酰胺键连接其表面的单链DNA,所述单链DNA为含Cy3基团的单链DNA,所述单链DNA的核苷酸序列如SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:2所示。本发明可将抗病毒药物或RNA干扰素等药物包载在富含羧基的COFs纳米晶体材料内部,ssDNA再通过共价键链接在富含羧基的COFs纳米晶体材料结构上,实现药物的可控释放,进而对病毒选择性识别和捕获,达到抑制病毒的目的。