本发明涉及基因诊断技术领域,具体公开一种用于BKV的原位核酸诊断和检测体系,包括用于检测BKV的探针,所述探针的序列分别为如SEQ ID No:1~40所示的序列或其互补链。本发明还公开该体系在制备BKV的诊断或检测试剂/试剂盒中的用途。本发明BKV的组织原位杂交诊断和检测体系灵敏度高、特异性好,可用于精准诊断BKV的活化以指导临床对症用药,提高BKV组织诊断的灵敏度和特异度。本发明的BKV原位杂交技术应用,将会大大提高BKV组织诊断的灵敏度和特异度,降低BKV相关疾病带来的危害,具有广阔的市场应用前景。