本发明提供了一种木薯转录因子的编码基因，其为转录因子MebHLH72基因，其核苷酸序列如SEQ ID NO：1所示；或者其为转录因子MebHLH114基因，其核苷酸序列如SEQ ID NO：2所示。采用本发明的MebHLH72基因和MebHLH114基因的片段构建沉默系统能够有效沉默目标基因，而且能够有效调控植株内亚麻苦苷合成关键基因的表达，调控植株内亚麻苦苷的合成，调节氰苷含量，例如将其转染木薯后，氰苷合成关键基因的相对表达呈现一定程度的下降，木薯叶片内亚麻苦苷的合成明显被抑制，但对百脉根苷的合成无明显影响，亚麻苦苷含量显著下降，百脉根苷含量无显著差异，氰苷含量也明显下降。
本发明提供了一种木薯MeChlD基因，核苷酸序列如SEQ ID NO：1所示。本发明还提供了截选自木薯MeGRXC3基因的沉默片段及其应用。MeChlD基因为木薯光合作用过程的关键基因，能影响木薯叶片叶绿素的合成，进而影响叶片净光合速率。MeChlD基因编码镁离子螯合酶亚基D，与橡胶树HbChlD，蓖麻RcChlD具有很高同源性，在木薯叶片中上调表达，定位在叶绿体上，能促进原核表达重组菌的生长，且与MeChlM，MePrxQ互作，参与光合作用。利用基因沉默VIGS技术在木薯中沉默该基因，能使木薯植株叶片叶绿素总含量显著降低，叶片褪绿、植株发育不良，影响光合作用相关基因的表达和木薯块根淀粉的积累等。
本发明提供了核苷酸序列如SEQ ID NO：2所示的木薯MeANR基因的沉默片段，以及采用所述沉默片段构建的木薯MeANR‑VIGS系统及其应用。本发明采用木薯MeANR基因的特异性沉默片段构建沉默体系，能够有效沉默目标基因MeANR，而且还能够有效提高植物花青素含量，同时可显著提高植物耐腐性、改善植物表型等，例如将本发明的沉默片段转染木薯后，MeANR基因的表达被抑制，木薯叶片中花青素含量显著上升，采后木薯块根腐烂速度明显降低，耐采后腐烂能力提高，地上部分生物量显著上升，而地下块根中须根数量增多。本发明为提高其他植物花青素含量、抗腐烂能力、改善表型等提供了研究思路和技术依据，具有良好的应用前景。
