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[发明专利]从样本中鉴定微生物物种的方法和装置-CN201710447898.0有效
发明人： 姬敬开;麻锦敏 -专利权人：深圳华大生命科学研究院
申请日： 2017-06-14 - 公布日： 2022-04-19 - 主分类号： C12Q1/70 文献下载
摘要：本发明提出从样本中鉴定微生物物种的方法和装置。该方法包括：获得DNA和RNA测序结果；将DNA测序结果进行比对，以便获得第一候选微生物集合和特异性DNA测序读段集合；将RNA测序结果进行比对，以便获得第二候选微生物集合和特异性RNA测序读段集合；选取第一候选微生物集合和第二候选微生物集合的交集的至少一部分作为第三候选微生物集合；分别从特异性DNA和RNA测序读段集合中选取相同数目的特异性DNA和RNA测序读段，分别获得过滤DNA和RNA测序读段集合；以及对第三候选微生物集合进行过滤处理，以便获得第四候选微生物集合，构成样本中的微生物物种。由此，能够准确地鉴定到种水平的微生物，避免背景微生物干扰，同时可找出活跃表达的致病性微生物，且操作简便。
样本鉴定微生物物种方法装置

[发明专利]用于布尼亚相关病毒属种分类的自动识别方法及系统-CN202111610163.8在审
发明人：李娟;史卫峰;姚雪;田忠帅;姬敬开 -专利权人：山东第一医科大学（山东省医学科学院）
申请日： 2021-12-27 - 公布日： 2022-04-12 - 主分类号： G16B40/00 文献下载
摘要：本发明涉及一种用于布尼亚相关病毒属种分类的自动识别方法及系统，该方法包括：从Taxonomy数据库链接到的GenBank数据库中获取布尼亚相关病毒的所有蛋白基因组序列的FASTA格式文件；基于NCBI登录号利用CDD工具对FASTA格式文件进行批量注释并生成布尼亚病毒目RdRp核心保守域序列数据包；安装BLAST工具和CDD工具并搭建自动识别网页；获取用户在自动识别网页提交的待识别病毒序列；利用CDD工具对待识别病毒序列进行筛查，从待识别病毒序列中提取出布尼亚病毒目RdRp核心保守域序列；利用BLAST工具从BLAST本地库中获取多条相似序列的分类信息，该方法可快速获取病毒分类信息。
用于布尼亚相关病毒分类自动识别方法系统

[发明专利]基于外泌体核酸进行微生物检测的方法及其应用-CN201880017694.6在审
发明人：卢森;高雅;姬敬开;麻锦敏;赵佳;黄国栋;陈芳;蒋慧 -专利权人：深圳华大生命科学研究院
申请日： 2018-04-16 - 公布日： 2019-11-15 - 主分类号： C12Q1/6869 文献下载
摘要：本发明提供了基于外泌体核酸进行微生物检测的方法及其应用。所述方法包括：(a)从待测样品中分离获得外泌体核酸，所述待测样品来自于第一物种；(b)对所述外泌体核酸进行测序，获得测序结果；(c)从所述测序结果中排除对应于所述第一物种的核酸序列，从而获得经去除处理的序列数据；和(d)将所述经去除处理的序列数据与微生物数据库的核酸序列进行比对，获得所述样品中的微生物检测结果。
核酸测序微生物检测待测样品核酸序列序列数据去除物种比对微生物数据库应用

[发明专利]测序获取寄生虫核酸信息及对寄生虫分类的方法和系统-CN201810205702.1在审
发明人： 姬敬开;麻锦敏 -专利权人：深圳华大生命科学研究院
申请日： 2018-03-13 - 公布日： 2019-09-24 - 主分类号： C12Q1/6869 文献下载
摘要：本发明涉及高通量测序领域，具体涉及一种高通量测序获取宿主上寄生虫核酸信息及对寄生虫分类的方法和系统。获取寄生虫核酸信息的方法包括：基于高通量测序，获取宿主血液中游离DNA的序列数据；参照宿主核酸序列，将所述宿主血液中游离DNA的序列数据中含有的宿主核酸数据过滤掉；将所述宿主血液中游离DNA的序列数据中含有的重复序列数据过滤掉；获得寄生虫核酸数据，从而获得宿主上寄生虫的核酸信息。在此基础上进一步提供了获取寄生虫核酸信息的系统，以及鉴定宿主上寄生虫的种类的方法和系统。本方法以及所提供的系统不局限于先验知识，提高了检测方法的通用性，而且灵敏度高，且快速。
寄生虫宿主核酸高通量测序序列数据游离DNA 数据过滤宿主核酸血液先验知识重复序列灵敏度分类测序局限检测