本发明公开了猪13号染色体与二花脸猪产活仔数显著相关的SNP标记及其检测方法与应用。所述SNP标记位于猪13号染色体上的钙同线蛋白2(CLSTN2)基因的核苷酸序列上，所述SNP标记的位点为国际猪基因组11.1版本参考序列猪13号染色体上chr13_81429549核苷酸位点，且存在T/C多态性，所述SNP标记与二花脸猪与经产胎次的产活仔数(P＝0.0479)显著相关，与全部胎次的产活仔数极显著相关(P＝0.0383)。一种用于检测本发明所述的SNP标记的引物对，上游引物为：SEQ ID NO：2，下游引物为：SEQ ID NO：3。本发明提供的SNP标记与二花脸母猪的产活仔数相关。
本发明公开了猪8号染色体上与二花脸猪全部胎次总产仔数相关的SNP标记的检测方法与应用。所述SNP标记的位点为国际猪基因组11.1版本参考序列猪8号染色体上rs342939847核苷酸位点，且存在A/C多态性，所述SNP标记与二花脸猪全部胎次的总产仔数显著相关(P＝0.0418)。一种用于检测本发明所述的SNP标记的引物对，上游引物为：SEQ ID NO：2，下游引物为：SEQ ID NO：3。本发明提供的SNP标记与二花脸母猪的总产仔数相关，因此，可以通过鉴定该SNP标记来筛选高产的二花脸母猪品系，所得的二花脸母猪高产品系具有重要的经济效益与社会价值。
本发明涉及一种鉴别杜长大三元猪和长大二元猪的SNP标记引物对及其应用。所述SNP标记位于猪6号染色体上的MC1R基因的核苷酸序列上，所述SNP标记的位点为国际猪基因组11.1版本参考序列猪6号染色体181697bp处含rs45435032核苷酸位点的分子标记，且具有T/C多态性，所述SNP标记在杜长大三元猪和长大二元猪群体间有差异基因型，其中杜长大三元猪为TC基因型，长大二元猪为CC基因型。一种用于检测所述的SNP标记的引物对，上游引物为：SEQ ID NO：2，下游引物为：SEQ ID NO：3。通过鉴定该SNP标记基因型来简易、高效地鉴别杜长大三元猪和长大二元猪。
