本发明提供了一组芥蓝InDel分子标记及其开发方法与应用,涉及分子标记技术领域。本发明提供的一组芥蓝InDel分子标记包括60个位点所对应的引物对,其核苷酸序列如SEQ ID NO.1~SEQ ID NO.120所示。本发明开发的标记具有操作简单、稳定性好、多态性高的特点;且上述引物对稳定性好,均匀分布于9个连锁群,可用于芥蓝重要农艺性状基因的定位、遗传多样性分析、指纹图谱构建、全基因组关联分析与遗传连锁图谱的构建或分子标记辅助选择育种,可以提高工作效率。
本发明公开了一组豇豆InDel分子标记及引物组,所述InDel分子标记均匀分布于11条染色体上,具有数量丰富、遗传稳定、重复性好、多态性高的特点,序列如SEQ ID NO.1~170所示。本发明还提供了上述InDel分子标记的试剂盒与检测方法,该方法简捷,成功率高,且能避免了由于特异性和复杂性导致的后续分析模糊的问题,拥有广泛的应用前景。
本发明公开了一种与豇豆荚色基因紧密连锁的SNP分子标记,其为分子标记24729或分子标记17947,其特征在于,所述分子标记定位于豇豆6号连锁群上,分别位于荚色基因两侧;其中,分子标记24729包含SEQ ID NO.1所示的核苷酸序列或其同源SNP序列;分子标记17947包含SEQ ID NO.2所示的核苷酸序列或其同源SNP序列。两标记间的遗传距离为2.14cM,定位的位点对该质量性状存在显著关联关系(p<0.05)。通过这两个分子标记可以预测豇豆果荚颜色,为实现豇豆荚色性状的早期鉴定和筛选提供技术支持,同时大大缩短了传统育种的时间。
本发明公开了一种用于冬绿芥蓝杂交种子纯度鉴定的引物及方法,引物SSR引物为BOE353,所述BOE353的序列由SEQ ID NO:1和SEQ ID NO:2组成,所述SEQ ID NO:1序列为:BOE353‑F:5’‑CGTCGGCTCATCTGCTA‑3’;所述SEQ ID NO:2序列为:BOE353‑R:5’‑CCTCGCGACGCTTCTTCA‑3’,同时公开一种鉴定方法。本发明的方法可将‘冬绿芥蓝’杂交种子与其母本、父本种子区分开来,快速检测出杂交种子的纯度;具有快速、准确、低成本,操作简单等优点,能够替代传统杂交种子纯度鉴定的方法,具有较高的商业应用价值。
本发明公开了一种用于鉴定 ‘秋绿芥蓝’杂交种子纯度的 SSR 分子标记组,SSR分子标记组由BOE456和BOE622组成。利用该分子标记组中的BOE456和BOE622的引物序列进行PCR验证,可对‘秋绿芥蓝’杂交种子和其母本、父本种子进行有效区分,快速、准确检测出杂交种子纯度。本方法具有快速、准确、低成本、操作简单等优点。