本发明公开了与鸡性成熟或杂种优势相关的lncRNA及其调控的靶基因和应用。本发明通过高通量测序技术和不同杂交组合卵巢组织LncRNA‑mRNA联合分析筛选到与鸡开产日龄、耻骨宽度和输卵管长度杂种优势显著相关的LncRNA并初步确定CACNA1C为其靶基因，其中，所述LncRNA的核苷酸序列为SEQ ID No.1所示。本发明通过实验验证证明，该LncRNA通过上调CACNA1C表达，影响机体GnRH分泌，调控鸡性成熟。本发明成功筛选出卵巢组织中高表达的LncRNA及其靶基因，其可作为性成熟和杂种优势的分子标志物或靶点，应用于鸡性成熟及其杂种优势预测和育种并有利于进一步阐明鸡性成熟的分子机制。
本发明公开了一种抑制鸡CA13基因表达的shRNA，所述shRNA为以下CA38、CA39、CA40中的任意一条，每一条shRNA分子包括正义链和反义链；其中，CA38‑a正义链和CA38‑b反义链分别具有序列表SEQ ID NO:1的碱基序列和序列表SEQ ID NO:2碱基序列，CA39‑a正义链和CA39‑b反义链分别具有序列表SEQ ID NO:3碱基序列和序列表SEQ ID NO:4碱基序列，CA40‑a正义链和CA40‑b反义链分别具有序列表SEQ ID NO:5碱基序列和序列表SEQ ID NO:6碱基序列；本发明的有益效果是，上述三种shRNA可有效抑制鸡CA13基因的表达量，在基因水平的抑制效率分别为36％、38％和47％。
