本发明公开了提高林可霉素A组份和减少林可霉素B组份的重组工程菌及应用,重组工程菌用下述方法构建:(1)以林可链霉菌基因组为模板,以SEQ ID No.1所示序列为上游引物,以SEQ ID No.2所示序列为下游引物,克隆lmbW基因;(2)将lmbW基因以酶切连接的方式,连接到pUWL201apr载体上,构建pAP04载体;(3)将pAP04载体转化到林可链霉菌,筛选,获得提高林可霉素A组份和减少林可霉素B组份的重组工程菌。本发明重组菌不仅使林可霉素A组份发酵效价高,而且林可霉素B组份下降。有利于简化下游分离纯化过程,降低生产成本、节能、减排,提高经济效益。