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[发明专利]实体瘤多基因检测基因芯片及其制备方法和检测装置-CN201910768791.5有效
发明人：李淼;陈超;张毅红;陈龙昀;李暾;但旭 -专利权人： 裕策医疗器械江苏有限公司
申请日： 2019-08-20 - 公布日： 2023-06-13 - 主分类号： C12Q1/6886 文献下载
摘要：一种实体瘤多基因检测基因芯片及其制备方法和检测装置，该基因芯片包含如表1所示的用于检测肿瘤突变负荷和靶向用药相关突变位点的基因区域的探针序列，以及如表2所示的用于检测微卫星不稳定位点的探针序列。本发明的基因芯片，能够捕获859个肿瘤突变负荷和靶向用药相关突变位点以及250个微卫星不稳定位点的基因区域，这些基因区域可真实反映人全基因组上肿瘤突变负荷及微卫星不稳定状态的变化趋势，且该区域覆盖了常见的靶向用药相关突变位点，可以同时用于各种肿瘤分子标志物的检测。
实体多基因检测基因芯片及其制备方法装置

[发明专利]一种低质量FFPE DNA的处理方法、装置和存储介质-CN201911019643.X有效
发明人：李艳;朱嘉麒;罗喜鹏;陈超;聂新华 -专利权人： 裕策医疗器械江苏有限公司
申请日： 2019-10-24 - 公布日： 2023-05-23 - 主分类号： C12Q1/6858 文献下载
摘要：本申请公开了一种低质量FFPE DNA的处理方法、装置和存储介质。本申请的处理方法包括，对FFPE DNA进行片段化处理，然后加热去除二级结构，再酶切消化；消化后末端修复、加poly A尾，并使用A碱基连接头；然后，进行PCR扩增，杂交捕获、测序，获得测序数据；将测序数据比对到人参考基因组，并从比对结果中过滤掉同时部分比对到同一染色体两个不同地方，且比对起始位置距离小于500bp的序列。本申请的方法，通过加热和酶切消化，消除大部分单链，使其不能相互连接后在末端补平中形成稳定双链，减少了因单链残留造成后续突变检测的假阳性；通过数据比对和过滤，进一步去除单链干扰，提高了突变检测结果的准确性。
一种质量 ffpe dna 处理方法装置存储介质

[发明专利]肿瘤突变负荷检测方法、装置和存储介质-CN201910254928.5有效
发明人：倪帅;李淼;陈龙昀;张艳鹏;但旭;陈超 -专利权人： 裕策医疗器械江苏有限公司
申请日： 2019-03-29 - 公布日： 2020-02-21 - 主分类号： G16B20/20 文献下载
摘要：一种肿瘤突变负荷检测方法、装置和存储介质，该方法包括：获取单个测试样本的突变频率数据，包括该样本目标区域的位点突变频率，将位点突变频率与设定的阈值进行比较得到大于阈值的单核苷酸变异，并去除单核苷酸变异中的无义突变得到有效单核苷酸变异个数；获取单个测试样本的Indel突变频率数据，包括该样本目标区域的Indel突变频率，将Indel突变频率与设定的阈值进行比较得到大于阈值的Indel突变个数；根据肿瘤突变负荷的估值公式计算肿瘤突变负荷的数值，估值公式包括有效单核苷酸变异个数的权重项和Indel突变个数的权重项。本发明的方法，在不依赖公共数据库和正常配对对照样本的前提下，准确地对肺癌样本的TMB指标进行检测。
肿瘤突变负荷检测方法装置存储介质

[发明专利]一种肿瘤突变负荷检测方法、装置和存储介质-CN201810713270.5有效
发明人：李淼;王佳茜;陈龙昀;杨洁;高志博 -专利权人： 裕策医疗器械江苏有限公司
申请日： 2018-06-29 - 公布日： 2020-01-14 - 主分类号： G16B20/50 文献下载
摘要：本申请公开了一种肿瘤突变负荷检测方法、装置和存储介质。本申请的肿瘤突变负荷检测方法包括下机数据处理步骤、数据过滤及质控步骤、序列比对及质控步骤、体细胞变异检测及过滤步骤、变异结果注释步骤、肿瘤纯度预测步骤、样本成对质控步骤和肿瘤突变负荷预测步骤。本申请的检测方法，不仅能够区分体细胞突变，而且充分考虑了突变的克隆性和亚克隆性情况下，过滤去除假阳性变异，使得最终获得的TMB值能够更准确的反映肿瘤细胞中总的基因突变程度。本申请的肿瘤突变负荷检测方法对免疫治疗用药具有显著的临床指导意义，并且，本申请的肿瘤突变负荷检测方法特别对中国人群突变频率进行注释，为后续提供适用于中国人群的用药指导奠定了基础。
突变负荷检测肿瘤申请存储介质中国人群质控过滤临床指导意义数据处理步骤体细胞变异负荷预测基因突变免疫治疗数据过滤突变频率序列比对用药指导肿瘤细胞注释步骤假阳性克隆性体细胞亚克隆检测去除样本预测

[发明专利]用于肿瘤突变负荷检测的基因芯片及其制备方法和装置-CN201810712939.9有效
发明人：李淼;王佳茜;陈超;张艳鹏;高志博 -专利权人： 裕策医疗器械江苏有限公司
申请日： 2018-06-29 - 公布日： 2019-10-25 - 主分类号： C12Q1/6858 文献下载
摘要：本申请公开了一种用于肿瘤突变负荷检测的基因芯片及其制备方法和装置。本申请的基因芯片，其包含捕获811个基因的探针。本申请的基因芯片，根据肿瘤基因组数据库，设计了811个芯片捕获区域，通过对这811个芯片捕获区域进行特异性的捕获测序，能真实有效的反映人全基因组上肿瘤突变负荷的变化趋势，特别适用于中国人群肿瘤突变负荷分析。本申请的基因芯片能替代传统全外显子测序检测肿瘤突变负荷，缩小了测序数据量，减小了肿瘤突变负荷检测成本，缩短了检测周期，为肿瘤突变负荷临床检测提供了一种相对便宜，且快速、高效、准确的解决方案，本申请基因芯片及基于基因芯片的肿瘤突变负荷检测方法对免疫治疗用药具有显著的临床指导意义。
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