本发明涉及一种截短的褐藻胶裂解酶基因Aly7B‑CDII,其核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示。将该的褐藻胶裂解酶基因Aly7B‑CDII克隆转化到大肠杆菌表达载体上,获得可异源表达的大肠杆菌重组菌株,用该菌株异源表达该截短体。酶学性质表征结果表明,截短体Aly7B‑CDII对褐藻胶、poly M及poly G均表现出活性。截短体Aly7B‑CDII表现出与全酶相似的底物特异性,但在pH与温度稳定性要优于全酶。本发明对重构发掘新型褐藻胶裂解酶具有极大参考价值,且所获得的褐藻胶裂解酶截短体可作为生产制备褐藻胶寡糖的潜在工具。