本发明公开了一种与控制美洲南瓜浅白色果皮紧密连锁的分子标记、引物及应用。属于生物技术领域。为了快速、高效鉴定美洲南瓜浅白色果皮和加速绿果皮南瓜选育进程。本发明公开了分子标记组合物:(a)SEQ ID NO:1和SEQ ID NO:2;(b)SEQ ID NO:3和SEQ ID NO:4,还有分别扩增(a)组和(b)组分子标记的引物对:SEQ ID NO:5和SEQ ID NO:6、SEQ ID NO:7和SEQ ID NO:8。本发明提供的分子标记具有较高稳定性,可在南瓜幼苗期简便、快速地用于浅白色果皮类型的筛选,回交转育的方法可快速培养出美洲南瓜浅白色果皮品种改良品系。