与日本囊对虾耐热性相关的SNP标记及其检测方法,涉及水产养殖中的虾类耐热群体的检测。首先利用直接测序法提供一种与日本囊对虾热耐受性相关的SNP标记,所述与日本囊对虾耐热性相关的SNP标记是核酸序列为SEQ ID NO.1的HSP60基因的第3289位点,其碱基为A或G。检测方法:日本囊对虾耐热性实验步骤;热耐受值的计算步骤;利用PCR‑RFLP技术进行基因分型步骤;不同基因型日本囊对虾个体热耐受性分析步骤。利用直接测序法、PCR‑RFLP法给出MjHSP60基因多态性,并对SNP多态性与日本囊对虾热耐受性进行关联分析,为筛选耐高温的SNP分子标记,开展日本囊对虾耐热品系的分子育种提供理论参考。