本发明公开了一种用于诊断EWSR1‑TFEB易位性肾癌的探针组合及其应用。EWSR1‑TFEB融合基因包含SEQ ID NO.3或SEQ ID NO.4所示的核苷酸序列。一种用于诊断EWSR1‑TFEB易位性肾癌的探针组合,该组合由BAC克隆探针RP11‑480L23和BAC克隆探针RP11‑81C24组成。采用本发明提供的探针组合进行检测EWSR1‑TFEB易位性肾细胞癌,不但方便、快速、可靠而且成功率高,可用于制备EWSR1‑TFEB易位性肾细胞癌诊断试剂盒,为EWSR1‑TFEB易位性肾细胞癌的快速准确的诊断提供了新的工具。