本发明公开了一种剪接果胶酶基因DNA中内含子的方法。所述方法以果胶酶基因作为模板进行融合PCR扩增得到所需基因片段,所述果胶酶基因包括内切聚半乳糖醛酸酶基因PGII和果胶甲酯酶基因PmeA,其中PGII基因扩增引物包括序列SEQ ID NO:1~SEQ ID NO:4;PmeA基因扩增引物包括序列SEQ ID NO:5~SEQ ID NO:18。本发明设计了多对引物,将基因中内含子进行剪接,筛选的引物序列特异性优异,灵敏度高;本发明融合PCR操作简单、高效、快捷扩增片段DNA;涉及的PCR扩增反应体系较小,检测所需试剂量也少,经济适用,还能减轻实验废弃物对环境的污染。