本发明公开了水稻OsRHD1‑3基因在调控水稻花粉育性中的应用,涉及生物工程技术领域。本发明所提供的应用,具体为水稻OsRHD1‑3基因在调控水稻花粉育性中的应用,所述水稻OsRHD1‑3基因的碱基序列如SEQ ID NO.1所示。本发明通过设计OsRHD1‑3基因的敲除靶点构建基因敲除载体,并在水稻中进行遗传转化,发现OsRHD1‑3基因功能的丧失能够导致花粉育性下降,有助于新型雄性核不育系的培育。OsRHD1‑3基因可以用于水稻杂交种子生产和育性调控,因此本发明在水稻育种上具有重要意义,可以为增加水稻产量、提高水稻品质提供重要生物资源。