本发明公开一种调控水稻直链淀粉含量新等位基因Wxy57，属于分子遗传学技术领域。该基因在水稻Wx基因第3外显子第61位的鸟嘌呤脱氧核苷酸(G)被腺嘌呤脱氧核苷酸(A)替换，其含有如SEQ ID No.1所示的基因组序列和如SEQ ID No.2及SEQ ID No.3所示的编码区序列。本发明还公开了一种所编码的蛋白，其含有如SEQ ID No.4所示的氨基酸序列。本发明的直链淀粉含量调控新等位基因还可以应用于低直链淀粉水稻新品种选育。
本发明属于植物基因工程技术领域，公开了一种水稻低直链淀粉调控新等位基因wxha在水稻软米育种中的应用，所述wxha定位开发的分子标记包括RM19286、IND12、RM8075、IND15、IND16、IND18、IND19和RM19357，所述wxha基因编码区基因组序列为SEQ ID NO：1；所述低直链淀粉调控新等位基因wxha通过影响制胚乳直链淀粉合成进而调控稻米的直链淀粉含量。本发明分离克隆低直链淀粉调控新等位基因wxha，该基因通过影响制胚乳直链淀粉合成进而调控稻米的直链淀粉含量；通过常规导入wxha基因创制直链淀粉含量2～5％的软米种质材料或品种，在优质软米育种实践上具有重要利用价值。
